Dopo aver fatto ritorno alle Hawaii per indagare sull'omicidio di suo padre, il detective Steve McGarrett viene assunto dal governatore per guidare una speciale task force. La prima indagine riguarda un contrabbando di armi che potrebbe avere qualcosa a che fare con il caso di suo padre.

In seguito al rapimento di un ex esperto della sezione di cyber-terrorismo della NSA, avvenuto in una cittadina delle Hawaii, la squadra cerca in tutti i modi di rintracciarlo ed evitare così una possibile fuga di informazioni riservate.

Una guerra fra bande diventa sempre più pericolosa arrivando anche a mettere in pericolo le vite di alcuni civili durante una partita di football all'interno di una scuola. Le indagini rivelano una curiosa partnership tra alcune bande locali e altre continentali.

Alla squadra viene assegnato il compito di rintracciare un violento criminale appena evaso di prigione. L'uomo sembra alla ricerca di soldi che aveva nascosto in precedenza, e per recuperare il denaro non si fa scrupoli.

La figlia dell'ambasciatore americano alle Filippine viene ritrovata morta, affogata. La governatrice delle Hawaii dà al caso priorità assoluta e ordina alla squadra di trovare il colpevole. Le indagini rivelano che l'omicidio ha qualcosa a che fare con la sorella della vittima.

Il CEO di una gigantesca compagnia di attrezzi per il surf viene assassinato. Kono deve fare i conti con il proprio passato durante le indagini, che rivelano un mondo sotterraneo nascosto dalle gare di surf sulla North Shore.

Un fuggitivo, agente della marina che è accusato di un omicidio che sostiene di non aver commesso, prende degli ostaggi e si rinchiude a bordo di una nave per attirare attenzione e poter così dimostrare la sua innocenza.

Una tranquilla giornata alle Hawaii si trasforma in un incubo quando viene ritrovato il cadavere di un poliziotto, che si scopre essere un ex collega di Danny ai tempi in cui lavorava al dipartimento di Honolulu.

Un membro di una squadra di agenti di sicurezza al lavoro durante una conferenza di beneficenza viene assassinato proprio quando stava per rivelare i dettagli di un tentativo di attentato ai danni di un dittatore.

Un fan dei film di fantascienza vestito da supereroe viene assassinato. La squadra indaga allora tra le convention di appassionati per trovare il colpevole. Nel frattempo McGarrett riceve una visita da un agente della CIA.

Mentre fanno hiking in una zona remota della giungla, McGarrett e Danny trovano un cadavere.Le indagini rivelano che si è trattato di un omicidio. Nel frattempo Kono scopre la verità riguardo allo scandalo che ha chiuso la carriera del cugino.

Un boss della criminalità organizzata si scaglia contro la famiglia di un poliziotto di New York che stava effettuando una missione sotto copertura all'interno della sua organizzazione. La squadra cerca allora di convincere il poliziotto a non cercare una vendetta personale.

Un noto fotografo di modelle viene assassinato proprio nelle Hawaii mentre stava girando un photoshoot per una marca di costumi da bagno. Danny è convinto che questo sia il miglior caso mai avuto dalla squadra, soprattutto perché deve interrogare tutte le avvenenti ragazze del photoshoot.

Con le indispensabili nuovi informazioni sul caso ricevute dall'agente Jenna Kaye, la squadra si ritrova più vicina che mai alla cattura del criminale Wo Fat. Le cose però si complicano quando uno degli agenti si espone a materiale altamente radioattivo.