Mentre McGarrett rimane in prigione in attesa del processo a suo carico per l'omicidio della governatrice, Danny cerca qualcuno che lo possa scagionare. Nel frattempo Kono viene sospesa dalla polizia ed è indagata.

Il governatore assegna Lori Weston alla squadra per controllare che i membri seguano le sue direttive e per le sue abilità di profiler. La prima indagine riguarda il rapimento di un giovane ragazzo campione di paddleboard.

McGarrett persuade Max a ricompiere un'autopsia su un SEAL. Tutti pensavano che il suo fosse un suicidio, ma in realtà sembra che dietro ci sia un assassino. Nel frarrempo Kono inizia a frequentare dei poliziotti corrotti.

La squadra FIVE-0 deve indagare nelle acque profonde delle Hawaii. Il caso del giorno riguarda infatti l'assassinio di un sub che era fammoso per le sue grandi scoperte nei relitti di navi sprofondate nell'oceano.

Le indagini della squadra sull'omicidio di un coach della squadra di pallavolo nazionale portano a una scoperta inaspettata sulla vita personale di Kono. Nel frattempo Chin Ho riallaccia i rapporti con una sua ex fidanzata.

Le indagini della squadra sull'omicidio di un facoltoso proprietario di una catena di ristoranti portano McGarrett a prendere parte a un evento di beneficenza. Nel frattempo interverrà in aiuto anche l'agente dell'NCIS Kensi Blye.

La squadra Five-0 indaga sull'omicidio di una giovane coppia, uccisa mentre filmava un macabro documentario all'interno di un cimitero. Le cose si complicano quando uno sbandato lancia una maledizione su Danny.

L'indagine della squadra Five-0 su un sospetto disastro aereo e sulla morte di un agente doganale prende una piega inaspettata quando si scopre che la vittima era già morta prima del decollo del velivolo.

La squadra Five-0 scopre il cadavere di una persona senza identità nel bagagliaio di una macchina rubata. Non solo dovrà trovare il killer, ma anche capire chi era veramente la vittima. Nel frattempo Danno viene ospitato da McGarrett.

)McGarrett) si ritrova a dover contare sull'aiuto della squadra Five-0 quando va nella Corea del Nord per consegnare un riscatto a dei ribelli che stanno tenendo prigioniera la sua compagna. Nel frattempo la squadra indaga sull'omicidio di un giornalista.

McGarrett e il resto della squadra Five-0 partono alla ricerca di uno scuolabus pieno di alunni, cercando di scoprire chi è il responsabile del rapimento prima che succeda qualcosa di irreparabile ai ragazzini.

Alla vigilia del matrimonio tra Chin Ho e Malia, le indagini della squadra Five-0 sull'uomo ritrovato in un bunker della Seconda Guerra Mondiale si intrecciano con quelle del Capitano Fryer, che sta indagando sulla sparizione di un uomo.

La squadra Five-0 scopre che l'omicidio di una giovane ragazza è opera di un killer ben addestrato, probabilmente assoldato da qualcuno. Per scoprire chi l'ha uccisa bisognerà dunque capire chi ha voluto che la ragazza venisse uccisa.

McGarrett riceve delle rivelazioni scottanti da parte di Chin Ho riguardo a Joe White e si mette all'opera per chiarire la situazione. Nel frattempo, Danny cerca a modo suo di aiutare la sua ex moglie a superare la dura prova del parto.

Un poliziotto corrotto torna dopo anni sull'isola cercando vendetta nei confronti di Danno, con il quale aveva un vecchio conto in sospeso. La squadra cerca allora un modo per salvare il collega e garantire la protezione sua e della sua famiglia.

La squadra causa un incidente di portata internazionale durante una missione particolarmente complicata. Il Governatore decide allora di usare le maniere forti, minacciando di licenziare uno dei membri della squadra per il loro comportamento.

La squadra Five-0 deve indagare sull'assassinio di un uomo ritrovato nella giungla hawaiana, nei pressi di una zona in cui di recente era stata replicata una battaglia della guerra civile. L'uomo è stato ritrovato con indosso il costume di un guerriero NaKoa.

La squadra Five-0 si ritrova a lavorare con un esperto di esplosivi ora in pensione, che una volta faceva parte della polizia di New York, durante le indagini sulla misteriosa morte di un famoso deejay della radio Bobby Raines.

La sorella di McGarrett viene arrestata per aver contrabbandato una grossa quantità di diamanti. L'agente decide allora di chiedere aiuto a un ex contrabbandiere per riuscire a venire a capo della situazione.

Un omicidio fa riapparire parecchi fantasmi del passato di Max. Sembra infatti che una sua vecchia conoscenza, un serial killer noto come "The trashman", abbia ricominciato a colpire. Per aiutare la squadra a trovarlo, il dottore racconta degli episodi della sua infanzia.

La squadra delle Hawaii si unisce alla NCIS di Los Angeles per risolvere un caso complicato. Un criminale è infatti in procinto di rilasciare un virus letale tra la popolazione, e le due squadre devono trovarlo prima che sia troppo tardi.

McGarrett riesce finalmente a mettere le mani sul suo arcinemico Wo Fat durante un raid delle forze speciali. Le cose però si complicano quando la squadra scopre di avere la mafia giapponese, la Yakuza, alle calcagna.