Walter e Jesse hanno paura di finire vittima dei raptus psicotici di Tuco e cercano di trovare un modo di liberarsi di lui. Jesse vorrebbe ucciderlo con dei colpi di arma da fuoco, mentre per Walter il metodo migliore è l'utilizzo di un veleno.

Tuco sequestra Jesse e Walter costringendoli a fuggire in Messico con lui e costruire da zero un altro impero della droga. Nel frattempo Hank inizia le indagini per trovare Walter, partendo proprio dalla vita privata di Jesse.

Walter e Jesse tornano a casa dopo gli ultimi eventi nel deserto. Walter finge di avere avuto una crisi psicologica e viene ricoverato in ospedale, mentre Jesse viene arrestato dalla DEA, che però è costretta a rilasciarlo per insufficienza di prove.

Jesse viene sfrattato dai propri genitori e, dopo aver chiesto aiuto invano a Walter, decide di dormire nel suo vecchio camper. Nel frattempo Skyler inizia a comportarsi in modo strano facendo preoccupare Walter, che invece cerca di tornare alla normalità.

Walter e Jesse cercano di riprendere il lavoro da dove lo avevano lasciato, anche se c'è un grosso problema: trovare il sostituto di Tuco. I due decidono allora di eliminare la figura dell'intermediatore vendendo la droga direttamente ai clienti.

Jesse decide di prendere la situazione in mano e recuperare i suoi soldi dalla coppia di drogati che aveva derubato Skinny Pete. Le cose però si complicano quando, invece di trovare la coppia in casa, Jesse si imbatte in un piccolo bambino sporco e malnutrito.

In giro per le strade della città inizia a spargersi la voce che Jesse sia diventato uno spietato assassino, capace di uccidere un uomo schiantando la sua testa contro una macchina dell'ATM. Walter decide di sfruttare questa "pubblicità" per allargare il business.

Badger viene arrestato e il rischio è che racconti tutto alla DEA pur di non finire in galera. Walter e Jesse decidono allora di pressare il suo avvocato affinché questi convinca Badger a non rivelare nulla e a patteggiare una pena con la polizia.

Walter nota che le entrate del business sono ancora poche e per questo decide di passare un weekend intero a produrre droga nel deserto insieme a Jesse. I due però rimangono bloccati nel posto dopo che la batteria del camper si esaurisce.

Nonostante le nuove buone notizie, Walter diventa sempre più irritabile, arrivando anche a scontrarsi con Hank ad una festa e a far ubriacare il figlio. Nel frattempo Jesse prosegue la sua strana relazione con la sua vicina di casa.

Uno degli amici di Jesse muore dopo una sparatoria e Walter si ritrova all'improvviso senza nessuno che provveda alla distribuzione della droga. Ad aiutarlo è Saul, che riesce ad organizzare un incontro con un venditore molto ricco e molto discreto.

Walter chiude un accordo milionario per vendere la droga ma decide di non dare la percentuale a Jesse fino a quando quest'ultimo non si ripulirà una volta per tutte dalle sue dipendenze. Nel frattempo Skyler partorisce una bambina.

Jesse deve fare i conti con la morte di Jane e le sue conseguenze. Walter cerca di aiutarlo per quanto possibile. Nel frattempo Walter Jr. è entusiasta per il successo avuto dal suo sito internet, creato per permettere donazioni di aiuto al padre malato.