Isaac è privo di sensi e viene salvato da una ragazza in moto. I due vengono inseguiti da due licantropi gemelli che cercano di ucciderli, ma la ragazza riesce a risolvere la situazione. Nel frattempo, Scott si fa fare un tatuaggio come premio per i 18 anni e per non aver chiamato Allison per tutta l'estate.

Un'amica d'infanzia di Stiles, Heather, viene attaccata e scompare. I ragazzi, con l'aiuto di Peter Hale, aiutano Isaac a recuperare la memoria e così viene rivelato che, prima di essere scoperto, aveva trovato Boyd e un altro licantropo femmina.

Scott rivela la verità ad Allison sulle azioni di sua madre e Derek trova il corpo di Erica. Intanto Boyd e Cora sono liberi e vagano per la città sotto l'influenza della luna piena.

Alla clinica veterinaria Scott salva la vita a un cane avvelenato dal vischio, tuttavia il giovane padrone del cane scompare misteriosamente in un vicolo lì vicino. Il giorno seguente Derek va ad accertarsi delle condizioni dell'insegnante di inglese di Scott.

L'episodio è caratterizzato da continui flashback che spiegano cosa sia successo precedentemente. La classe del coach Finstock, che tra gli altri comprende Scott, Stiles, Boyd, Isaac, Danny e Ethan, è in gita sullo scuolabus.

I ragazzi sono bloccati per una notte in un hotel, dove negli anni precedenti si sono verificati vari suicidi. Il coach distribuisce ai ragazzi le chiavi delle loro stanze e dice loro che devono dormire in due.

L'episodio comincia con un tamponamento avvenuto precedentemente e tutti i feriti vengono portati all'ospedale di Beacon Hills, dove lavora la mamma di Scott. Subito entra Danny sorretto dal suo compagno Ethan.

Nell'appartamento di Derek, Peter racconta a Stiles e Cora il susseguirsi degli avvenimenti del passato che hanno portato Derek ad avere gli occhi di colore blu e a essere freddo e distaccato.

Allison accompagna Scott da suo nonno per avere più informazioni sui druidi. L'uomo gli racconta che in passato i druidi erano i consiglieri dei branchi di lupi e i suoi sospetti cadono sul dottor Deaton.

Stiles e Scott provano a Derek che Jennifer è in realtà il Darach, ma non possono eliminarla perchè la vita di Cora e dello Sceriffo sono nelle sue mani.

Scott si è aggregato al branco di Deucalion, mentre sua madre è stata rapita dal darak. Isaac e Peter portano in salvo Cora, ancora in bilico tra vita e morte, mentre Stiles fa fuggire dall'ospedale Derek.

Scott, Allison e Stiles hanno delle visioni della notte in cui Scott venne morso da Peter: tutti e tre si trovavano nei pressi del Nemeton. Dopo essersi svegliati sapendo dove sta avvenendo il rituale, Deaton li informa che sono passate 16 ore e che a breve ci sarà l'eclissi lunare.

Stiles, Allison e Scott iniziano ad avere degli incubi mentre lo sceriffo Stilinski indaga su un caso di 8 anni fa quando una madre e le sue due figlie morirono in un incidente stradale, anche se il corpo di una delle bambine non venne mai trovato.

Derek e Peter sono prigionieri di quello che sembra essere un altro clan di cacciatori. Uno degli uomini, che li sta torturando con la classica tecnica della corrente, continua a chiedere loro informazioni sulla "lupa", ma i due affermano di non averla neanche mai sentita nominare.

I gemelli (ormai trasformati di nuovo in omega dopo essere quasi morti) tornano a scuola e vorrebbero unirsi al branco di Scott, ma nessuno degli amici è d'accordo, quindi Scott rifiuta. Nel frattempo, un pericoloso serial killer viene trasportato nell'ospedale del paese per l'asportazione di un tumore.

È la notte di Halloween i mostri si aggirano senza dare nell'occhio per la città per cercare le loro prede. Isaac è vivo ma non si riprende. Allison e il padre lo rianimano ferendolo e scatenando così la guarigione licantropa.

Chris Argent racconta ai ragazzi che lui ha già conosciuto quel tipo di mostri e che forse cercano proprio lui. Quando aveva 18 anni infatti suo padre ha fatto in modo che egli si trovasse da solo a controllare una vendita di armi senza sapere che i compratori fossero della yakuza, la mafia giapponese.

Scott riceve da Stiles una telefonata molto angosciante nel cuore della notte: l'amico è ferito e chiede disperatamente aiuto, ma fa promettere a Scott di non coinvolgere il padre. Scott e Isaac si mettono alla ricerca di Stiles.

Il dottor Deaton viene convocato nella sua villa da un misterioso pezzo grosso giapponese per curare il suo lupo bianco malato. In effetti è stato proprio il veterinario a drogarlo in precedenza con la tossina del kanima. Si scopre quindi che il facoltoso giapponese è un boss della yakuza.

Stiles si fa rinchiudere nella Eichen House, una casa per ragazzi con problemi psichici dove aveva sognato di essere rapito dal Nogitsune, e fa promettere a Scott di non farlo uscire di lì finché non saranno sicuri che sia tornato se stesso.

Dopo aver ricevuto una vecchia foto di guerra da Malia, Kira viene a sapere che sua madre è una Kitsune e che ha 900 anni. Durante la Seconda Guerra Mondiale, era stata portata in un campo di internamento giapponese, dove si era innamorata di un giovane medico.

Lo sceriffo Stilinski, Chris Argent, Allison e Derek, nel loft di quest'ultimo, hanno uno scontro con Stiles/Nogitsune interrotto poco dopo dall'arrivo degli Oni. Sono costretti perciò a combattere i demoni per evitare che uccidano Stiles, che nel frattempo è scappato.

Mentre sono alla ricerca di Lydia, che ha lasciato un messaggio in cui dice di non cercarla, Aiden e Ethan vengono colpiti da un misterioso individuo con dei proiettili di strozzalupo, ma vengono salvati da Derek.