In seguito alla rivelazione al mondo del Dr. Rosen sull'esistenza degli Alpha, la squadra deve essere riunita per salvare le vite di due dei suoi membri, che sono stati presi in ostaggio da un individuo malvagio e pronto a tutto.

Il Dr. Rosen e la sua squadra si lanciano in un'investigazione per trovare un killer apparentemente in possesso di una velocità supersonica. Le cose si complicano quando la squadra si accorge che il malvagio Alpha è sulle sue tracce.

La squadra dà il benvenuto a un nuovo elemento, Kat, una giovane ragazza in grado di replicare qualunque abilità veda anche solo per un momento. L'unico svantaggio è che la sua memoria è molto fragile, e quindi dimentica quanto imparato nel giro di poco tempo.

La squadra indaga su una serie di crimini legati agli Alpha. In seguito si scoprirà che l'Alpha a cui stanno dando la caccia è proprio uno di loro. Nel frattempo il dottor Rosen rivela per la prima volta l'abilità di Parrish.

La squadra si mette al lavoro per trovare la fonte di una misteriosa serie di allucinazioni in corso all'interno di un ospedale. Nel frattempo il Dr. Rosen continua a indagare sulla cospirazione di Parish, mentre Gray deve ancora fare i conti con la morte di Anna.

Rosen chiede aiuto a Skylar per decodificare la teconologia Alpha di Stanton Parrish. Così facendo, però, mette in pericolo tanto la sua vita quanto quella della piccola figlia. La squadra scoprirà anche l'esistenza di un'intera comunità di Alpha.

Quando Jason Miller torna a scuola dopo essersi risvegliato dal coma, inizia a mettere a repentaglio la vita di molti studenti utilizzando i suoi poteri amplificati. Nel frattempo il Dr. Rosen ha un confronto diretto con Stanton Parish.

Kat si offre volontaria per rintracciare la fonte di una nuova droga di strada che permetterebbe di dare alle persone normali l'invulnerabilità dipica degli Alpha. Lavorando sotto copertura, la ragazza incontra una persona del suo passato.

La squadra di Alphas di Rosen rimane vittima di un attacco dall'interno, quando Cameron decide di unirsi alle forze di Stanton Parish per attuare un piano che prevede la detonazione di una bomba ad alto potenziale e che mette a rischio la vita di milioni di persone.

La squadra di Rosen deve fare i conti con la morte di una persona cara a tutti. Nel frattempo, una donna porta un neonato in ufficio e Gary deve occuparsene dopo che la stessa donna scappa senza lasciare traccia.

Kat e Cameron cercano di rintracciare un altro Alpha tenuto nascosto da Stanton. I due credono infatti che quest'uomo sia la chiave per scoprire finalmente i piani dell'Alpha immortale, e quindi per riuscire a fermarlo una volta per tutte.

Rosen, Cameron, Nina e Rachel lasciano gli Alpha senza autorizzazione per andare a interrogare un'agente della Red Flag prigioniera e scoprire così qualcosa in più sui piani di Stanton. Nel frattempo, Bill, Kat e Gary si mettono alla ricerca di Skylar.