Dopo aver salvato il figlio, Carter comincia di nuovo a fidarsi di Finch e Reese e ad aiutarli nei loro casi, che questa volta vede il secondo infiltrato in una ditta di trasporti di sicurezza sotto l'addestramento di Tommy Clay, il nuovo nome elaborato dal software. Intanto il passato di John viene rivelato, così come il motivo per cui Snow desideri catturarlo.