Sia Root che John sono in contatto diretto con la macchina: la prima cerca di rintracciarla, il secondo - con l'aiuto di Shaw - cerca di rintracciare Finch, ancora ostaggio della hacker. Intanto il passato di Harold viene svelato, così come la causa della morte di Ingram, mentre Carter si ritrova di nuovo faccia a faccia con la minaccia dell'HR cercando di salvare la loro prossima vittima.