Dopo il fraintendimento e l'assalto, Karev arriva al Grey Sloan's con DeLuca, il quale rischia la carriera a causa delle ferite riportati, ma preso dal panico decide di non confessare di essere il colpevole. Nel frattempo però sia Meredith che Ben riescono a capire cosa sia successo, mentre Richard tenta di aiutare un'inconsolabile Joe.

Meredith continua a difendere ed appoggiare Karev, ma la dottoressa rischia di peggiorare la situazione del collega quando si trova faccia a faccia con DeLuca. Nel frattempo April è costretta a rimanere in ospedale, mentre Amelia cerca di far riappacificare Owen e Riggs. Quest'ultimo nel frattempo è ancora ignaro dell'interesse di Maggie.

Amelia si ritrova a fare da mediatore tra Meredith e Maggie quando quest'ultima non fa altro che lamentarsi di come la situazione con Riggs sia peggiorata. Nel frattempo, Arizona torna da New York e si ritrova a giostrare l'amicizia con Andrew ed il rapporto lavorativo con Alex, mentre il pronto soccorso va nel caos quando un funerale viene interrotto da un incidente d'auto.

Alex cerca di fare la cosa giusta ma continua a non avere fortuna. Nel frattempo, Jackson ed April cercano di abituarsi alla loro nuova situazione abitativa dopo l'arrivo di Harriet.

Meredith e Miranda si ritrovano l'una contro l'altra quando entrambi i loro pazienti si ritrovano in lista per un trapianto di fegato. Nel frattempo Owen cerca aiuto dai colleghi quando viene incaricato di fare da baby sitter ad Harriet per un giorno, mentre Amelia ha il sospetto di essere incinta, e comincia a diffondere la notizia a tutti tranne che al marito.

Il ritorno di Leah Murphy al Grey Sloan prende alla sprovvista lo staff dell'ospedale, in particolare Arizona. Nel frattempo Catherine preme perché Bailey prenda una decisione sulla situazione di Alex, mentre la giornata di Amelia viene rovinata da un difficile caso in arrivo al pronto soccorso.

Tra Richard e Miranda, e tra i dottori del Grey Sloan, sale la tensione dopo l'arrivo di Eliza Minnick, la consulente ingaggiata per rilevare problemi e mancanze nel programma educativo dell'ospedale. Nel frattempo Amelia e Owen portano i loro problemi personali al lavoro, mentre April si tuffa di nuovo nel mondo degli appuntamenti.

Una complicata operazione dopo dei turni stancanti fa riaffiorare il passato ed i ricordi Meredith, Owen, Edwards e Webber.

Mentre il Grey Sloan viene invaso dalle vittime di un crollo in città, Alex scopre la verità sul passato di Jo e decide di agire. Nel frattempo Richard affronta Miranda dopo aver saputo che Eliza lo sostituirà nella gestione del sistema educativo dell'ospedale.

All'indomani della decisione di Karev, Miranda, Arizona e Wilson si recano in una prigione femminile per occuparsi del caso di un'adolescente violenta.

Mentre Owen è alla disperata ricerca di Amelia, i dottori del Seattle Grace tramano perché il primo giorno di Eliza Minnick diventi un inferno. Nel frattempo Meredith non riesce a rintracciare Alex, mentre Arizona, Murphy e Maggie si occupano del disperato caso di una donna incinta rimasta vittima di un incidente stradale.

Alex rivela a Meredith e Maggie che Andrew è intervenuto prima che potesse acconsentire ad un patteggiamento. Nel frattempo Meredith subisce le conseguenze dell'aver rifiutato l'accesso ad Eliza durante un'operazione, mentre Richard scopre di non avere il supporto di Catherine.

Tra l'indifferenza dei suoi colleghi, April assume il ruolo provvisorio di primario di chirurgia generale, e Catherine decide di cogliere l'occasione per celebrare. Nel frattempo Minnick implementa la seconda fase del suo piano di insegnamento, una decisione che porterà a conseguenze disastrose per Ben e Stephanie.

Mentre April, Richard, e Jo si ritrovano a che fare con un dilemma morale nel bel mezzo di un'operazione, Alex si vede rilegato al lavoro degli specializzandi a causa del metodo di Minnick. Nel frattempo Maggie e Nathan si occupano di una paziente affetta da disturbi mentali e scomparsa dodici anni prima.

Richard, Jackson, April e Catherine si occupano di un difficile caso di trauma, reso ancora più complicato dalle politiche ospedaliere. Nel frattempo Amelia affronta una volta per tutte i suoi sentimenti verso Owen, mentre Meredith si ritrova nel bel mezzo di una discussione tra Riggs ed Alex

Jackson e April si recano in Montana per eseguire un complicato intervento su un giovane paziente.

La madre di Maggie torna all'ospedale, ma la figlia ne ignora ancora il motivo. Intanto Amelia ed Owen usano il caso di un paziente come pretesto per discutere dei loro problemi, mentre Baily cerca di recuperare il rapporto con Richard.

Quando la salute della mamma di Maggie peggiora, i medici non riescono a trovare un accordo sulla cura. Nel frattempo Richard si unisce al tradimento di Bailey per il programma di Residenza.

Maggie accetta un grosso caso ma molti medici non sono sicuri che sia lei la persona giusta per il lavoro.

Meredith e Nathan dovranno affrontare i loro sentimenti quando si trovano accanto su un aereo.

Bailey e April lavorano cercano di aggiustare le cose tra Richard e Catherine; Uno dei precedenti pazienti di Alex torna al Gray-Sloan.

Aprile e Andrew si consultano con un paziente che ha un tumore cardiaco inoperabile; Alex e Eliza non sono d'accordo sulla cura di un giovane paziente; Stephanie e Ben prendono decisioni importanti.

I medici del Gray Sloan devono fare i conti con un caso difficile che coinvolge un paziente pericoloso; Owen riceve nuove notizie che spingono Amelia a sostenerlo; Alex partecipa a una conferenza medica dopo aver fatto una sconvolgente scoperta.