Martin Bohm è un ex reporter la cui vita è crollata insieme alle Torri Gemelle, dove la moglie è morta lasciandolo con Jake, un bambino autistico di dieci anni. Incapace di comunicare con il figlio, Martin si accorge che l'unico modo per avvicinarsi è capire il suo linguaggio, linguaggio che si esprime attraverso i numeri e la successione di Fibonacci.

Attraverso un numero di telefono, Jake fa in modo che il padre si metta in contatto con Arnie Klepper, il proprietario di un banco dei pegni che inscena una finta rapina per aiutare n ragazzo con i suoi debiti. Martin non capisce perché il figlio lo abbia condotto verso l'uomo fino a quando non si rende conto di aver precedentemente incontrato la figlia, Rebecca.

Jake consegna al padre un foglio con i numeri 3287, numeri che lo porteranno ad incrociarsi con Walter King, un barbone che ha lo stesso dono del figlio e che ha come missione quella di fermare quello che lui chiama "il drago". Quando Martin arriva alla soluzione per lui sarà una corsa contro il tempo per porre fine alla frode di una società di investimenti.

Attraverso i numeri 9 e 5, Jake fa in modo che il padre venga a contatto con Bobby Azira - un conoscente della moglie, Sarah - che involontariamente lo condurrà ad una gioielleria. Intanto il vincitore della lotteria, Randall Meade , torna nella sua città natale ed incontra il pastore Steve Whitaker , che riuscirà a chiarirgli le idee.

A Martin viene rubato il computer, proprio il giorno in cui Jake è oggetto di un'importante decisione sulla sua custodia. Nel tentativo di recuperarlo viene a contatto con una donna di El Salvador che cerca di vendicare la morte della sua famiglia. Intanto Arthur cerca di riconnettersi con sua figlia e una ragazza araba, Norah, cerca di ribellarsi alle imposizioni della società.

Arthur scopre che gli ultimi numeri che Jake ha fornito al padre formano quella che lui chiama "la sequenza di Amelia", e fa di tutto per cercare di comunicare con il bambino. Intanto Martin aiuta Clea a rintracciare la madre, sospettata di aver con sé un bambino scomparso, mentre un uomo ed una donna si incontrano in un aeroporto e le loro vite cambieranno per sempre.

Poco prima della sua morte, Arthur lascia a Jake una chiave che condurrà il padre sul luogo in cui l'ex terapista portava avanti la sua ricerca. Nel farlo, Martin viene in contatto con il professor Logan Coteweiler mentre la zia di Jake - Abigail Kelsey - arriva a New York con l'intento di ottenere la custodia del bambino.

Jake riesce a far riunire una ragazza francese - Veronique - con la sua sorella gemella - Nandu - , il cui padre viene aiutato da Martin a smascherare l'uomo che ha distrutto la loro famiglia. Intanto Allegra, un'astronauta nello spazio, chiede aiuto via onde radio per soccorrere il suo collega italiano con il quale ha perso contatto.

Martin si adopera per smascherare un membro dell'ufficio per la libertà vigilata che usa i suoi assistiti per compiere crimini. Intanto Clea conosce Avram, il migliore amico di Teller con il quale condivideva la stanza in cui conduceva le ricerche e che aiuta a fare luce sul mistero di Amelia, mentre in Brasile un musicista di strada - Felipe - cerca di conquistare una barista, Yarah.

I numeri e gli indizi che il figlio comunica a Martin lo conducono ad una zona di carico sul porto dove viene scambiato per un'altra persona e coinvolto in un'attività illegale. Intanto Clea sospetta che Sheri usi Jake per confutare i metodi usati da Teller, mentre Avram aiuta a distanza un suo cugino ebreo nella relazione clandestina con una ragazza palestinese.

Clea si ritrova suo malgrado coinvolta nella decisione sulla custodia di Jake, intanto Martin indaga sulla probabile falsificazione della morte di Amelia. Nel mentre, Lucy - la madre - seguendo i numeri e la sequenza della figlia si ritrova su una spiaggia dove incontra Wade, sopravvissuto del recente tsunami.

Dopo avergli tolto la custodia del figlio ed aver saputo del suo imminente trasferimento, Martin - con l'aiuto di Clea - riesce a far uscire Jake dall'istituto e quest'ultimo lo conduce verso Los Angeles. Intanto, nel suo cammino, Lucy incontra Zack, mentre Randall è determinato a continuare a cercare la famiglia Bohm.