Mentre Kitty è occupata con un caso di un'adolescente scomparsa dopo aver scoperto di essere stata il risultato di uno stupro, Holmes e Watson indagano sulla morte di un giovane botanico e ingegnere genetico trovato ucciso con un modus operandi che ricorda quello di un cartello della droga. Nel frattempo, Sherlock si accorge che la sua ex partner gli sta nascondendo qualcosa, e come conseguenza il detective prende un'importante decisione.