Dopo essere stata accusata di omicidio, Brennan è in fuga dall'FBI, con l'aiuto del padre. Intanto il resto della squadra è sempre più convinto che il genio dell'informatica Christopher Pelant abbia sabotato le prove del caso per far risultare l'agente come prima sospettata.

La squadra indaga sull'omicidio di un avvocato divorzista molto famoso, che nel lavoro si era creato parecchi nemici. Le cose si complicano quando la squadra scopre che la moglie della vittima ha occultato delle prove riguardanti l'omicidio.

Dopo che nel garage di un hotel avviene una violenta esplosione, la squadra deve far luce sull'accaduto e scoprire chi sono le vittime. Le indagini diventano ancora più complicate quando si scopre che uno degli uomini ritenuti morti potrebbe essere vivo.

La squadra indaga sulla morte di un uomo che lavorava presso una una fiera di animali. Man mano che procedono le indagini, la squadra entra sempre più a fondo nel mondo del traffico degli animali, molto più diffuso di quanto la gente possa pensare.

La squadra indaga sulla morte di una donna, il cui cadavere mutilato viene ritrovato all'interno di un bidone della spazzatura. Nel frattempo, Booth invita Sweets a stare con lui e Brennan mentre cerca un nuovo appartamento dove vivere.

Brennan rimane affascinata dal gioco del basket e in particolare dalla filosofia del gioco di squadra dell'allenatore Phil Jackson; per mettere alla prova questa teoria decide di chiamare i suoi migliori stagisti per identificare dei resti che sono apparentemente impossibili da identificare.

La squadra indaga sulla morte di un esperto di pulizia delle scene del crimine, il cui cadavere viene trovato in circostanze misteriose all'interno di una capsula sulla spiaggia. Nel frattempo, Angela scopre che Cam ha una relazione segreta.

Un artista di strada cade per sbaglio sulla sua scorta di colla, trovandovi anche dei resti umani. La squadra si prende carico del caso e cerca di scoprire a chi appartengano questi resti, e come abbiano fatto a finire lì.

La squadra indaga sulla morte di un giovane ragazzo la cui anima è ancora molto viva. La psichica Avalon Harmonia cerca di far riposare l'anima in pace e ben presto i membri della squadra si interrogano sulla propria spiritualità.

La squadra indaga sulla morte di una ballerina professionista, uccisa tre giorni prima del suo provino per un famoso talent show. Per risolvere il caso, Brennan e Booth lavorano sotto copertura come ballerini.

La squadra indaga sull'omicidio di un noto archeologo con una dubbia reputazione, che proprio poco prima della sua morte aveva compiuto una scoperta che avrebbe potuto cambiare per sempre la sua carriera.

Hodgins e Angela vengono drogati e dopo una notte di incoscienza si risvegliano nel loro letto, con un cadavere sanguinante appeso al soffitto e petali di fiore attorno alla culla del loro figlio.

La squadra indaga sui resti di due corpi che sono stati trovati nello stesso luogo di sepoltura. Nel frattempo, vista la natura del caso, Brennan e Booth iniziano a discutere sulle loro volontà in caso di morte.

Brennan e Booth indagano sulla morte di una giovane roller skater il cui cadavere è stato trovato completamente smembrato. Per riuscire a ricostruire gli eventi dell'omicidio, decidono di mandare Angie sotto copertura.

Brennan viene sparata mentre è al lavoro di notte nel laboratorio, e viene portata in ospedale in condizioni critiche. Nel frattempo, tutti gli indizi fanno pensare che il colpevole sia molto vicino alla squadra.

La squadra indaga sui resti del cadavere di un ragazzo quindicenne. Anche se i suoi parenti e amici lo descrivono come un ragazzo per bene, la squadra scopre che prima della sua morte aveva partecipato in attività illegali.

Un nuoco tirocinante inizia a lavorare con la squadra e la sua brillantezza ben presto inizia a dare sui nervi a Brennan. Nel frattempo, Booth inizia a pensare che per risolvere un caso si debba prendere in considerazione la possibilità di poter viaggiare nel tempo.

La squadra indaga sulla morte di un giovane ragazzo i cui resti vengono ritrovati all'interno di un barile in un sito di smaltimento di materiali tossici. La vittima era un immigrato dalla Sierra Leone che aveva molti lavori part-time.

La squadra indaga sulla morte di una ex sergente dei marine i cui resti vengono trovati in cenere. Le indagini rivelano che la donna era stata esonerata dal suo posto di lavoro dopo aver partecipato a una rissa con un collega.

Un agente di polizia che lavorava sotto copertura per indagare su una serie di rapine ai Bancomat viene ritrovato morto in un un furgone, il suo corpo mutilato e con addosso un sacchetto di diamanti. La squadra si mette all'opera per svelare il mistero.

La squadra indaga sulla morte di una produttrice tv, il cui cadavere viene ritrovato sotto uno strato di terra coperta da funghi. Nel frattempo, Brennan cerca di "scagionare" la figlia, accusata di aver morso altri bambini a scuola.

La squadra indaga sulla morte di un broker che di notte lavorava come spogliarellista. Il suo cadavere viene ritrovato in un cantiere di demolizione, e da lì la squadra inizia le indagini per capire il perché della sua morte e della sua doppia carriera.

La squadra lavora per impedire la diffusione di un virus e allo stesso tempo indaga sulla morte di una giornalista, ritrovata in una fabbrica di materiali tossici. Arastoo viene infettato dal virus e l'unico modo per salvarlo è risolvere il caso.