Brennan e il team stanno lavorando disperatamente per far uscire Booth di prigione, ripristinare intatta la sua reputazione e scagionarlo dall'accusa di crimini che non ha commesso. I resti di un uomo morto 16 anni fa potrebbero essere il punto di origine di tutta la cospirazione governativa che alla fine ha messo Booth in prigione.