Prima parte di una puntata speciale di due ore. Quando i resti di uno studente di scuola privata vengono scoperti in un fosso, Brennan e Booth pensano che si sia trattato di un atto di bullismo. Quando Brennan trova analogie tra la propria adolescenza e la vittima, ciò porta la squadra a ipotizzare che la morte della ragazza sia stata in realtà un omicidio.