Un caso con stretti legami personali coinvolge Brennan, che lavora all'analisi forense dei resti di un cadavere. Booth scompare misteriosamente, portando a un'indagine dell'FBI nei luoghi da lui frequentati guidata dall'agente Grazia Miller, che lavora sul caso a stretto contatto con l'agente dell'FBI James Aubrey.

Il mistero sulla sorte di Booth e sulla sua condizione fisica si infittisce: la squadra scopre che l'agente dell'FBI Miller non è stato del tutto sincero, nascondendo informazioni vitali che potrebbero portare a Booth.

Nel primo giorno del rientro ufficiale di Brennan e Booth nei loro ranghi al Jeffersonian e all'FBI, le cose si fanno emozionanti: vengono infatti trovati dei resti umani in un allevamento di pesci in condizioni sospette, il che li spinge a indagare.

Quando i resti dell'agente immobiliare Justin Ross vengono ritrovati in una foresta apparentemente fatti a pezzi da dei coyote, Brennan chiede l'aiuto della geniale antropologa forense Beth Mayer.

È Halloween anche per il team di Jefferson, quando la squadra riceve una visita a sorpresa dal Lt. Abbie Mills e Ichabod Crane, che hanno viaggiato dalla città spettrale di Sleepy Hollow per collaborare a un caso di omicidio di una giovane donna.

Una coppia di lavoratori della nettezza urbana scopre in un camion il corpo di un senatore degli Stati Uniti. Per andare a fondo di questo omicidio politico, Brennan, Booth e la squadra vanno a Capitol Hill, dove incontrano il senatore Hayley Winters e il capo del personale Eric Morales.

La squadra indaga sull'omicidio di un artista della fuga il cui corpo viene ritrovato nel bosco. Si scopre che la vittima ha lavorato presso il Palace Magic, e che aveva alcune attività segrete che potrebbero avergli fatto dei nemici nella comunità della magia.

La squadra indaga sull'omicidio di un giornalista politico trovato cadavere dopo la recente pubblicazione di un suo articolo di denuncia della corruzione nella NSA. A causa della natura delle indagini, quando la squadra si rende conto che ogni sua mossa è sorvegliata la paranoia di Hodgins prende il sopravvento.

Prima parte di un episodio di due ore. Per risolvere un omicidio, Booth e Brennan vanno sotto copertura in una gara di tiro in stile Old West, mentre Angela e Hodgins discutono il futuro della loro famiglia e Cam si avvicina al fotografo Sebastian Kohl. Poi, la squadra indaga sull'omicidio di un agente di polizia.

Seconda parte di un episodio di due ore. Per risolvere un omicidio, Booth e Brennan vanno sotto copertura in una gara di tiro in stile Old West, mentre Angela e Hodgins discutono il futuro della loro famiglia e Cam si avvicina al fotografo Sebastian Kohl. Poi, la squadra indaga sull'omicidio di un agente di polizia.

Hodgins è da otto settimane in riabilitazione per la sua paralisi, costretto a spostarsi vita su una sedia a rotelle, e ha difficoltà ad adattarsi alla sua nuova vita a casa e in laboratorio. Nel frattempo, Brennan e Booth indagano sulla morte di un pubblico ministero con molteplici imputati da casi precedenti che avrebbero avuto ragioni per ucciderla.

La squadra indaga su un corpo trovato dopo un incidente d'auto. I resti appartengono a uno dei fondatori di un'organizzazione per i diritti degli uomini che potrebbe essere stata vittima di abusi domestici. Come Brennan scopre di più sui principi dell'organizzazione della vittima, che sostiene che gli uomini bianchi di mezza età sono oppressi e che le femministe odiano gli uomini, Brennan perde stranamente la calma durante un interrogatorio e aggredisce il co-fondatore dell'organizzazione.

Il Jeffersonian team indaga sul corpo in decomposizione di un assistente sociale trovato in un parco, e le prove suggeriscono che il killer ha vissuto con il corpo per mesi prima di scaricarlo. Le cose diventano ancora più complicate quando scoprono un altro gruppo di resti con particolari simili che collegano le varie vittime a un serial killer che ha avuto rapporti sinistri con i corpi delle sue vittime.

Il team di Jefferson indaga sull'omicidio di un criminale condannato, portato in un centro di rieducazione e poi scomparso; un sospetto nel caso ha legami con Booth. Nel frattempo, Brennan viene interrogata dall'FBI sulle circostanze riguardanti la sua aggressione di un sospetto disarmato in un caso precedente; l'esito dell'udienza potrebbe portare alla sua sospensione.

La squadra indaga sul corpo di un investigatore privato trovato congelato nel ghiaccio, dopo essere stato scaricato nel Potomac. La vittima, un uomo con molti nemici, era un "faccendiere" che aveva fatto credere ai suoi clienti di aver risolto i loro problemi. Nel frattempo,Aubrey è sconvolta da alcune informazioni legate alla sorte di suo padre.

La squadra indaga sulla morte del leader del gruppo della Lynwood University "The Whippersnaps", il cui corpo è stato trovato nel laboratorio della scuola. La vittima aveva recentemente cacciato Ian Jansen, uno dei migliori cantanti del gruppo, costringendo Booth e Aubrey a mettere in discussione Ian, gli altri membri del gruppo maschile e alcune stelle del gruppo concorrente femminile.

Uno studente di college ubriaco scopre il cadavere di un agente dei servizi segreti poco prima di una visita presidenziale. Booth è pronto a iniziare con entusiasmo e si rivolge all'agente dei Servizi Segreti ed ex collega Brandt Walker per delle informazioni, ma scopre che il Servizio Segreto ha delle riserve circa la partecipazione di Booth al caso. La squadra scopre alcune prove scioccanti che aumentano la gravità del caso, portando Booth ad intensificare il lavoro per il suo paese.

Per produrre un segmento televisivo sul laboratorio medico-legale del Jeffersonian, una troupe cinematrografica segue Brennan, Booth e la squadra del Jeffersonian/FBI su un caso "tipico", un cadavere trovato in una discarica sepolto più di un decennio fa. La camera cattura filmati normalmente del team di lavoro normalmente non visibili, mentre una candid camera sui membri del team fornisce uno sguardo dall'interno delle indagini.

La squadra indaga sulla morte di un famoso giocatore di hockey professionista il cui cadavere decapitato è stato gettato nel fiume. Quando Booth e Aubrey interrogano il suo allenatore, la conoscenza dell'hockey di Booth diventa parte integrante della soluzione del caso; Booth riprende il contatto con un suo rivale a hockey, trovandosi di nuovo faccia a faccia con lui sul ghiaccio.

Quando in Antartide vengono trovati i resti del famoso miliardario esploratore Henry Charles, sul caso lavorano Brennan e Booth per scoprire se si tratti in realtà un omicidio. Il team di Jefferson conferma l'omicidio avvenuto dieci anni fa durante una spedizione e il Dr. Clark Edison, che era con Charles nella spedizione, finisce nella lista dei sospettati.

La squadra indaga su un corpo trovato in un impianto di riciclaggio di vetro con un diamante depositato nella sua mascella. L'ispettore francese Rousseau lavora con la squadra e accusa il marchese De Chaussin, che si scopre essere il marito della vittima. Nel frattempo, Booth scopre di soffrire di una malattia oculare temporanea e Hodgins pensa di essere seguito da un fantasma.