E' il Giorno dei Fondatori di Eureka e mentre ci sono tutti i preparativi per la festa, Carter, Fargo, Allison, Jo e Henry si ritrovano nel 1947, anno di fondazione della cittadina. I ragazzi tra cercare di non farsi catturare e magari ammazzare cercano un modo per tornare nel 2010.

Fargo, Jack, Jo, Allison e Henry cercano di capire cos'altro è cambiato dal ritorno ma anche un modo per rimettere le cose come erano ma ci sono cose che non cambiano mai e sceriffo e compagnia si ritrovano ad affrontare un paio di situazioni problematiche.

Fargo è stressato dal risucire a capire come fare il suo lavoro e la costante che tutti si comportano come se lo odiassero e per di più il nuovo progetto per la Difesa non va come dovrebbe... Nel frattempo Trevor e Henry cercano un modo per far rifunzionare la macchina che li ha portati a viaggiare nel tempo.

Jack decide di andare a trovare Zoe a Harvard, sperando che sia la figlia che ricorda. Nel frattempo a Eureka c'è una gara di missili ma qualcosa va storto e ancora una volta la cittadina è in pericolo.

Fargo è tutto emozionato per l'arrivo di un ospite VIP alla GD, quando capita qualcosa di inaspettato e Eureka è nuovamente neni guai. Nel frattempo Allison cerca di far smettere di fumare Charls e Grace è preoccupata dei comportamenti di Henry.

Fargo, Charls, Jack e Kevin vanno in campeggio, mentre ad Eureka tutte le A. I. hanno un virus proprio quando Tiny sta tornando in città. Nel frattempo Henry decide di dire la verità a Grace, ma non la prende molto bene...

Zoe torna a Eureka per una visita e ne apporofitta per interessarsi a un nuovo ragazzo, Fargo si accorge di alcuni controlli effettuate su Charls e se ne preoccupa, invece, Jack chiede finalmente un appuntamento a Allison... Il tutto mentre un'altra sventura dilaga per la città.

Un nuovo prgetto per la Difesa è nei interessi di Beverly, la quale porta anche Charls nei suoi piani. Zoe è sempre più interessata a Zane e Jo non sa cosa fare quando lui le fa delle avances, mentre Jack e Allison hanno a che fare con Stark e Tess.

Mentre Henry e Allison indagano sulla mancanza di radiazioni nel bosco vengono investiti da un'onda di energia emanata dalla macchina del tempo di Beverly per riportare Trevor nel suo tempo, ma le cose non vanno come pianificate...

I piani di Carter di visitare la propria famiglia in occasione delle festività natalizie saltano quando lui e il resto della città rimangono intrappolati a causa di un campo elettromagnetico. Allison approfitta della situazione per rimanere in città e darsi da fare con le decorazioni.

Tutta la città si mette in moto per aiutare Zane e Fargo e riportarli sulla Terra, ma ben presto tutti i dispositivi elettronici di Eureka si fondono. Intanto nello spazio Fargo rivela un segreto riguardante Jo a Zane.

Jo riceve un nuovo apparecchio tecnologico che potrebbe rendere il suo lavoro fin troppo facile. Allison continua ad essere afflitta da mal di testa e Carter decide di organizzarle una vacanza. Nel frattempo Fargo annuncia l'apertura di una missione adatta anche per i civili.