Ad un anno dagli eventi che hanno portato all'arresto di Joe Carroll, adesso in attesa della pena di morte, Ryan, Max e Mike sono i bersagli di una nuova ondata di brutali omicidi orchestrati da Mark per vendicarsi della morte della madre e del fratello gemello, Luke.

Mark, Kyle e Daisy mettono in atto un piano per catturare un agente dell'FBI coinvolto nella copertura di quello che è realmente successo a Lily Grey, e nelle seguenti omissioni che hanno permesso a Max, Ryan e sopratutto Mike di uscirne indenni. Nel frattempo Ryan è costretto a chiedere aiuto a Strauss, adesso in prigione, per portare avanti le indagini.

Dopo la morte di Clarke, Max, Ryan e Mike tentano di risalire al creatore del metodo con cui l'agente è stato brutalmente torturato ed ucciso, convinti che Daisy, Mark e Kyle abbiano chiesto aiuto a qualcuno al di fuori del loro giro. Nel frattempo Hardy deve affrontare le conseguenze della confessione che la vittima ha fatto prima di morire.

Dopo essere riusciti a rintracciare la loro casa, l'FBI riesce a mettersi in contatto con Daisy e Kyle, i quali vengono messi alle strette; Hardy si ritrova di nuovo preoccupato che i due possano mettere a rischio la vita dei suoi cari. Nel frattempo Mark mette in atto una strage per distruggere il morale di Max, mentre Gwen si trasferisce a casa di Ryan.

Durante il processo ad Arthur Strauss la credibilità di Ryan e dell'FBI vengono messe in discussione, mentre Daisy e Kyle si occupano di eliminare Carrie Cook, l'unica persona in grado di avvalorare la testimonianza di Hardy. Nel frattempo Max e Mike riescono a scoprire il collegamento tra Juliana e Strauss, e lo stesso vale per Mark.

L'assistenza di Joe dà i suoi frutti quando il condannato a morte rivela che Strauss potrebbe essersi rifugiato da uno dei suoi tanti discepoli, anche se il prezzo di questa informazione vede Ryan costretto a continue visite in carcere. L'FBI si reca quindi a Beacon, insospettiti da un alto numero di persone scomparse, un luogo in cui l'ex dottore è in attesa dell'arrivo del suo migliore allievo, Theo.

Due agenti vengono ritrovati uccisi dopo che Theo libera Duncan Banks per costringerlo a chiudere dei dettagli in sospeso che potrebbero incriminarlo. Nel frattempo l'FBI riesce a rintracciare chi ha fornito i passaporti falsi trovati a Strauss, mentre a Joe viene comunicato che entro una settimana sarà eseguita la sua condanna a morte e a Max viene dato il permesso di ritornare alle indagini.

Donovan ancora non crede alla teoria di Ryan che vede l'FBI inseguire il sospettato sbagliato, convinto che Tucker sia fondamentale per poter arrivare al famigerato pupillo di Strauss. Theo nel frattempo prende una decisione impulsiva che potrebbe costargli l'anonimato, mentre Hardy e Mike vengono attirati in una trappola.

Dopo gli eventi che lo hanno portato a rivelarsi alla sua famiglia, Theo vuole rendere la vita di Ryan un inferno, e al tempo stesso cercare di ottenere informazioni sull'esistenza di altri apprendisti di Strauss. Nel frattempo Joe — a pochi giorni dalla morte — desidera parlare con Hardy, mentre Mark rintraccia Daisy ad Atlantic City.

Il giorno dell'esecuzione di Joe Carroll è arrivato, ma quando Ryan si rifiuta di fare un'ultima visita all'ex professore, quest'ultimo prende in ostaggio tre persone nell'infermeria della prigione richiedendo che l'agente FBI cambi idea. Nel frattempo Theo e la sorella Penny cercano di approfittare della situazione.

Ryan continua a bere cercando di eliminare le allucinazioni che lo perseguitano, mentre Gwen rompe il loro rapporto e Max cerca di distrarlo con un nuovo indizio, il quale permette di scoprire alla vera identità di Theo ed al suo passato. Nel frattempo Daisy cerca di tamponare la furia omicida di Mark nei confronti di Mike.

Per rintracciare Tom, Daisy e Mark chiedono aiuto a Theo, il quale ne chiede altrettanto in cambio per gestire una trappola organizzata da Eliza. Nel frattempo Ryan e Max scoprono la vera identità di Penny, ed una volta rintracciata Hardy usa metodi poco ortodossi per fare in modo che riveli la posizione del fratello.

Hardy acconsente ad uno scambio di ostaggi, Penny in cambio di Mike, ma quando Max ne viene a sapere finisce per rimanerne coinvolta. Nel frattempo Theo sta cercando di tenere sotto controllo Mark, e Gwen confessa a Ryan di essere incinta.

Dopo l'attacco ai danni di Mike, ancora in condizioni critiche, l'FBI assegna pattuglie di protezione a Max, Ryan e a tutti gli agenti coinvolti nelle indagini, ma tra i potenziali target Theo decide di puntare su Gina Mendez, ormai ritiratasi dall'agenzia. Nel frattempo Eliza viene meno ad un accordo, mentre Gwen decide di dare un'altra possibilità a Ryan.