L'episodio si dipana in due direzioni: in una l'Ocean Flight 815 atterra normalmente a Los Angeles e tutti i protagonisti sono sani e salvi, nell'altra l'azione si svolge sull'isola con Jack, Kate e Sawyer che cercano di salvare Juliet mentre Ben continua ad eseguire gli ordini di Locke.

La trama è ancora divisa: da una parte i passeggeri dell'oceanic Flight 815 atterrano a Los Angeles, Kate cerca un'altra volta di sfuggire alla sorveglianza di Edward Mars e Jin viene fermato alla dogana; sull'isola invece Kate, Jack e Hurley portano Sayid in un misterioso tempio per cercare di salvargli la vita.

Sawyer riesce a fuggire dal tempio e Kate e Jin ricevono l'ordine di riportarlo indietro. Nel frattempo gli Altri si convincono che Sayid sia infetto e cercano di avvelenarlo. A Los Angeles, intanto, Kate è ancora in fuga dalla polizia ma decide comunque di portare Claire in ospedale per il parto.

Sull'isola il grande rivale di Jacob, sempre nel corpo di Locke, cerca di convincere prima Richard e poi Sawyer a seguirlo per scoprire la verità sui misteri dell'isola. A Los Angeles invece troviamo Locke che viene licenziato dal proprio posto di lavoro e che incontra Hurley e Ben.

Jacob appare nuovamente a Hurley dicendogli di cercare di convincere Jack a seguirlo fino ad un misterioso faro. Nel frattempo Jin viene salvato da Claire, che però sembra avere poco in comune con la donna che conosceva. A Los Angeles invece Jack cerca di conoscere meglio il figlio David.

Dogen prosegue nei suoi tentativi di uccidere Sayid, il quale sta ancora cercando di capire la propria situazione. L'improvviso arrivo di Claire nel Tempio, preludio a quello del rivale di Jacob, non aiuta a chiarire le cose. A Los Angeles invece Sayid va a trovare il fratello e Nadia.

Ilana scopre che Jacob non è stato ucciso dal fumo nero ma da Ben, e quindi imprigiona quest'ultimo minacciando di ucciderlo. A Los Angeles Ben vuole una svolta alla propria vita e per questo cerca di prendere il posto del preside della scuola in cui lavora come insegnante.

Il gruppo guidato dal rivale di Jacob si riunisce a Sawyer, il quale viene mandato sull'isola Hydra per verificare l'arrivo di Charles Widmore e del suo sottomarino. A Los Angeles troviamo invece Sawyer intento a lavorare come detective della polizia, affiancato da Miles.

Attraverso una serie di flashback viene raccontata la storia di Richard Alpert, dai tempi in cui viveva a Tenerife al suo arrivo sull'Isola a seguito di un naufragio. È qui che l'uomo si ritrova a fare una difficile scelta tra Jacob e l'Uomo in Nero.

L'uomo in nero tenta di convincere prima Jin e poi Sun a seguirlo nel suo tentativo di lasciare l'isola, ma entrambi rifiutano. A Los Angeles invece la polizia confisca i soldi di Jin che dunque si ritrova nei guai all'arrivo di Martin Keamy, che reclama il suo compenso.

Desmond arriva a Los Angeles e Charles Widmore, il suo capo, ha un altro compito per lui: far sì che Charlie non si cacci nei guai in modo che possa suonare al concerto di suo figlio. Dopo alcuni eventi, però, sarà lo stesso Desmond a veder stravolta la propria vita.

Il gruppo guidato da Ilana si ritrova indeciso sul prossimo passo da compiere: Hurley infatti inizia ad avanzare qualche dubbio dopo aver parlato con Michael. A Los Angeles invece Hugo incontra Libby e poi Desmond.

Sawyer decide di mettere in atto il suo piano B convincendo tutto il gruppo a seguirlo seminando l'uomo nero. Jack però non è sicuro che lasciare l'isola sia la cosa giusta da fare. A Los Angeles invece Jack incontra Claire e scopre che anche lei è figlia di suo padre.

Il gruppo di Sawyer viene imprigionato dagli uomini di Widmore, mentre l'Uomo Nero, Jack e Sayid si organizzano per liberarli. A Los Angeles invece Jack tenta di far luce sull'incidente che ha provocato la paralisi di Locke.

Viene raccontata la storia di Jacob e dell'Uomo in Nero. I due sono fratelli, adottati da una madre che voleva affidar loro il compito di proteggere l'Isola. L'Uomo in Nero però scopre di poter lasciare l'Isola e decide di lasciare la madre.

L'uomo in nero raggiunge Ben chiedendogli di fare qualcosa per lui. Jacob invece si rivela al gruppo di Jack. A Los Angeles intanto Desmond continua a darsi da fare per riunire tutti gli ex naufraghi e far ricordare loro del tempo passato sull'isola.

Il gruppo di Jack si unisce all'Uomo in Nero, che nel frattempo ha recuperato Desmond, per avviarsi verso il cuore dell'Isola e decidere le sorti di tutti i sopravvissuti. A Los Angeles intanto Hugo e Desmond continuano nel loro tentativo di far ricordare ai sopravvissuti il loro passato sull'Isola.