Per provare la sua innocenza nell'omicidio di J.D., Jordan va a Washington. Lu decide di assumere un medico-esaminatore indipendente per provare la colpevolezza di Jordan. Anche il dottor Macy vola nella capitale per incontrare Jordan mentre il resto della squadra rimane a lavorare per provare la sua innocenza.

Lu e Jordan lavorano insieme sul suicidio di un ragazzo. Da un foglietto lasciato dal ragazzo si capisce che è stato molestato. Una donna viene investita da diverse auto su di una superstrada. Del caso si occupa Woody. Lily riceve notizie strane e sorprendenti.

Alcuni poliziotti uccidono un ragazzino di 8 anni con una scarica di 33 proiettili. Cominciano a scoppiare dei disordini e la città di Boston sembra a rischio di una rivolta popolare. Jordan e i suoi si mettono dunque ad investigare su questo brutto caso.

Danny e Delinda (della serie Las Vegas) sono in vacanza a Boston. Presto però il loro soggiorno si trasforma in un viaggio risolvi-crimine poiché offrono il loro aiuto a Jordan e Woody nel rintracciare un killer. Bug intanto lavora sul caso di un corpo di donna trovato in un fiume. Lily, incinta, ritorna all'obitorio e incontra il padre del bambino. Episodio cross-over con la serie Las Vegas.

William Ivers bazzica ancora intorno all'obitorio, osservando lo staff e il modo in cui affrontano il loro lavoro. Jordan e Lily vengono mandate a recuperare un corpo. Woody invece indaga sulla morte di un sedicenne.

Tre persone muoiono durante una sparatoria. Uno di essi è un presunto killer. Una delle vittime viene dichiarato morto ed inviato all'obitorio. Essendo paralizzato non riesce a parlare o a muoversi. L'unica cosa che può fare è assistere muto e immobile ai medici che si preparano per la sua autopsia.

Nigel e Woody danno la caccia ad un killer informatico che terrorizza Boston e lascia messaggi misteriosi sul blog di Nigel. Jordan invece si rende conto che probabilmente Bug ha fatto condannare una persona innocente.

Durante un'autopsia su di un immigrato Jordan scopre un virus potenzialmente devastante. Per evitare che l'epidemia si diffonda all'intera città di Boston, con il suo team si mette alla ricerca della fonte primaria del virus.

Una ragazza di sedici anni viene rinvenuta morta. Man mano che la squadra investiga sul decesso emergono diversi segreti sulla vita della vittima. Jordan inizia ad avere alcuni problemi con la sua salute. Macy si preoccupa per lei.

Woody e Jordan indagano sull'assassinio di una donna che era incinta e sulla scomparsa del suo feto. Woody scopre che Jordan potrebbe aver commesso un errore tale da compromettere l'investigazione. Il dottor Macy fa fare un giro dell'obitorio ad un gruppo di ragazzi che desiderano solo spaventarsi.

Woody e Jordan cercano di rintracciare un bus pieno di bambini che è stato sequestrato. I pochi indizi a disposizione non facilitano la ricerca dell'esatta ubicazione del bus. Intanto all'obitorio la dottoressa Switzer e Nigel trovano il corpo di Babbo Natale.

Jordan si fa ricoverare in ospedale per sottoporsi ad un rischioso intervento chirurgico al cervello. Intanto Woody cerca di tenere la mente occupata investigando sul caso di un omicidio il cui testimone oculare sta per testimoniare in tribunale.

Dopo l'operazione Jordan ha delle allucinazioni. I suoi amici fanno a turno per tenerle compagnia. Bug salta uno dei suoi turni e crea del malcontento ma presto i suoi amici si rendono conto che è stato preso in custodia dalla polizia per motivi di sicurezza nazionale.

La riabilitazione di Jordan procede regolarmente. La giovane dottoressa è pronta per tornare al lavoro. Bug continua ad aver problemi con la Sicurezza Nazionale ma si rifiuta di di parlarne. Woody e il Dottor Switzer si occupano dell'assassinio di un uomo avvenuto nel giorno del suo matrimonio.

Jordan e Ivers lavorano insieme sul caso di una donna ritrovata morta. Nel frattempo Lily e Jeffrey cercano aiuto da uno psichiatra che però muore nel mezzo della loro seduta. Intanto tutti cercano di aiutare Lily a mettere al mondo suo figlio.

Woody e Jordan lavorano insieme sul caso dell'assassinio di un uomo che è stato avvelenato. E' la stessa vittima a raccontargli di essere stata avvelenata e di voler riuscire a trovare sua figlia prima di morire. Nigel e Kate si occupano della morte di due maghi. Una decisione di Bug cambia per sempre la vita di Lily.