Dopo la battaglia di New York che ha coinvolto gli Avengers, tutto il mondo ormai sa dell'esistenza di alieni e supereroi. Phil Coulson si impegna quindi a riunire una squadra di agenti dello S.H.I.E.L.D. per indagare sui nuovi strani casi che cominciano a diffondersi: il primo obiettivo è rintracciare un uomo comune che ha improvvisamente ottenuto super-poteri e una misteriosa organizzazione chiamata The Rising Tide.