Ora che Coulson è nelle mani di Edison Po, Victoria Hand prende il comando del suo team e delle indagini che devono portare allo smantellamento di Centipede, che vuole scoprire come lo S.H.I.E.L.D. e Nick Fury hanno permesso a Phil di resuscitare. Nel frattempo, Skye viene esclusa dal team e ciò le permette di agire al di fuori della legge per scoprire dove sia detenuto l'agente.