L'assenza di Simmons è spiegata quando quest'ultima inizia una normale giornata di lavoro in un laboratorio HYDRA: grazie alla sua missione sotto copertura lo S.H.I.E.L.D. scopre che l'organizzazione sta tentando di impossessarsi di Donnie Gill, ormai in fuga. Nel frattempo, attraverso il lavaggio del cervello Whitehall e Bakshi riescono a sottrarre al team di Coulson l'ennesima risorsa, l'Agente 33.