Nell'attesa di elaborare un piano, Hunter e Coulson si recano al rifugio dove Skye era nascosta, mentre Gonzales continua a voler scoprire cosa contenga la misteriosa scatola che il direttore aveva in possesso, temendo che il suo obiettivo sia quello di reclutare persone con superpoteri. Nel frattempo Skye si sveglia in luogo chiamato Aldilà, dove persone come lei cercano guida e supporto.