Ethan torna a Wayward Pines dopo aver scoperto cosa si cela dietro le mura della cittadina, ma il suo tentativo di spiegare la situazione alla moglie Theresa non va a buon fine. Nel frattempo Kate continua a tramare per poter evadere, mentre a scuola Megan fa capire ai ragazzi di essere pronti a procreare per dare vita ad una nuova e pura generazione.