Mentre la salute di Amy peggiora e Ben continua a dimostrare ostilità verso il padre, Pilcher sprona Ethan ad adottare l'unica soluzione che potrebbe ristabilire la pace a Wayward Pines, ossia uccidere Kate e tutti i suoi complici in un regolamento dei conti pubblico. Nel frattempo Pam teme che il fratello stia perdendo il controllo della città e fa in modo che Theresa venga a conoscenza della verità, coinvolgendo più persone possibili.