La squadra FBI di Cooper si ritrova faccia a faccia con un ecoterrorista, che - in nome della purificazione del pianeta via estinzione della razza umana - comincia a diffondere il virus della peste. Nel frattempo, Liz cerca di far perdere le sue tracce all'uomo che la sta pedinando, mentre Red è alla disperata ricerca di quella che potrebbe essere sua figlia.