Keen viene chiamata a testimoniare in corte, ancora sospettata di aver ucciso il capitano portuale; quando il vice Procuratore Generale tenta di eliminare questa minaccia con la scusa della sicurezza nazionale, l'agente FBI si ritrova costretta a confessare importanti dettagli davanti ad un giudice. Nel frattempo Reddington è sulle tracce del cosiddetto "Major", colui che ha plasmato Tom Keen fin dalla tenerà età.