Dopo essere stati aggiunti nella lista dei dieci fuggitivi più ricercati dall'FBI, Red e Liz chiedono l'aiuto di un Blacklister chiamato The Troll Farmer, che attraverso false segnalazioni sul web può aiutarli ad evadere il perimetro della città. Nel frattempo Cooper viene sospettato di essere complice, mentre la famiglia di Dembe viene messa in pericolo dal misterioso Mr. Solomon.

Mentre l'FBI cerca di costringere Cooper alle dimissioni per non considerarlo complice di Elizabeth, quest'ultima si trova in pericolo quando un delegato dell'ambasciata russa la convince a lasciare il paese per recarsi a Mosca. Nel frattempo Red richiede l'aiuto di Marvin Gerard, un avvocato radiato dall'albo per aver tentato di rapire il figlio, ma che potrebbe aiutarlo ad uscire indenne da una situazione delicata.

Nella speranza di dimostrare l'innocenza di Liz, quest'ultima e Red —con Ressler e Navabi alle calcagna— si recano in Iowa, per indagare su una società collegata alla Cabala, mentre l'assenza di Dembe comincia a far insospettire Raymond. Nel frattempo Cooper si rende conto dell'importanza che può avere Tom nel catturare Karakurt ed aiutare l'ex moglie, quindi decide di accettare il suo aiuto.

Red e Liz chiedono aiuto ad Aram per rintracciare una donna conosciuta come Djinn, una misteriosa figura che di professione trasforma in realtà le fantasie di vendetta. Intanto Caul trova il nascondiglio in cui è tenuto prigioniero Dembe, ma quest'ultimo nel frattempo è riuscito ad evadere insieme a Vargas.

La scoperta che un feroce assassino è sulle tracce di Liz porta Aram a scovare un sito in cui una generosa somma di denaro viene promessa in cambio della morte dell'ex agente FBI. Nel frattempo Vargas si presenta al posto di Dembe all'appuntamento con Reddington, mentre Tom riesce a conquistare la fiducia di Asher Sutton.

Red è sulle tracce dell'econometrista Andras Halmi —il più fidato tra i consiglieri del Direttore, Peter Kotsiopulos— e scopre che il miliardario Crispin Crandall lo ha rapito insieme alle più grandi menti in circolazione. Nel frattempo, dopo aver provocato il pericoloso cognato dell'uomo, il piano di Tom per rintracciare Karakurt raggiunge un punto di svolta

Red vorrebbe organizzare un incontro con una misteriosa terza parte, ma quando viene rifiutato per l'ennesima volta il fuggitivo propone uno scambio, promettendo di consegnare il terrorista internazionale Zal Bin Hasaan. Nel frattempo il passato di Navabi torna a farsi sentire, mentre Tom porta Karakurt a casa di Cooper.

Durante una fermata per fare rifornimento, Red viene preso ostaggio da un gruppo di criminali che si fa chiamare Kings of the Highway, lasciando Liz costretta a chiedere aiuto a Navabi, la quale -acconsentendo- mette a rischio il suo posto all'interno del team. Nel frattempo Solomon ed i suoi uomini sono sulle tracce di Cooper, Tom e Karakurt.

Mentre Tom e Cooper attirano le attenzioni di Solomon trasportando Karakurt in un'isolata baita, Liz viene arrestata in attesa che gli U.S. Marshal possano interrogarla. Nel frattempo Reddington e Navabi riescono a recuperare una valigia in possesso dell'FBI, la quale si rivela necessaria perché il fuggitivo possa ottenere l'aiuto del Venezuela nel liberare Liz e distruggere la Cabala.

Reddington si riunisce con la task force organizzata per tramare contro il Direttore perché richieda un urgente incontro con la moglie e il loro terapista matrimoniale. Nel frattempo Ressler trasporta Liz al tribunale federale in attesa dell'udienza in corte, mentre Laurel Hitchin organizza un attentato ai suoi danni.

Dopo un avvertimento arrivato attraverso Mr. Kaplan, Red rivela a Liz che un sindacato criminale noto come Shell Island Retreat si riunisce ogni anno, spronandola a mettersi sulle tracce di uno dei suoi membri per poter smantellare il resto del gruppo. Nel frattempo Tom chiede a Liz di (ri)sposarla, mentre quest'ultima fatica ad abituarsi ad una carriera come risorsa dell'FBI e non come agente.

Dopo un omicidio ritualistico, Red sospetta del coinvolgimento dei Vehm, un gruppo di vigilanti risalente al Medioevo che agisce per punire peccatori, ma le indagini porteranno il team a scoprire che gli assassini sono a loro volta vittime di false informazioni. Nel frattempo Liz confessa a Tom di voler far adottare il loro bambino, mentre Reddington cerca di dissuaderla ad accettare la proposta dell'ex marito.

Un misterioso uomo offre di fare da mediatore tra due famiglie di criminali, proponendo un matrimonio combinato tra i due eredi per porre fine alle ostilità. Nel frattempo Tom si mette in contatto con Gina Zanetakos per essere incluso in una rapina e poter racimolare soldi per fuggire insieme a Liz, mentre quest'ultima cerca una coppia disposta ad adottare il loro figlio.

Il caso di un ragazzino autistico ritrovato quattro anni dopo la sua presunta morte ricorda a Reddington la favola di Lady Ambrosia, una donna che accoglie bambini indesiderati per poi farli sparire. Nel frattempo Gina propone a Tom di estendere la loro collaborazione, mentre Liz trova una coppia disposta ad adottare il suo bambino e ad accettare le sue condizione.

Dopo l'omicidio di un imprenditore, ritrovato in una perfetta posa, Reddington informa Liz sulle attività di un artista performativo chiamato Drexel, il quale rivendica e rende pubbliche le sue "opere". Nel frattempo l'ex agente FBI viene a sapere che Tom è stato ricoverato in ospedale in condizioni gravi, mentre Raymond è sulle tracce di Rostova.

Dopo l'uccisione di un ufficiale governativo per mano del governo cinese, Reddington informa Liz dell'esistenza di colui che viene chiamato il Custode, parte di una famiglia protetta dal governo americano per mantenere i più compromettenti segreti. Nel frattempo Tom decide di proporre una tregua a Zanetakos per uscire dal losco giro d'affari e potersi dedicare alla sua futura moglie e prole, mentre Liz segue una pista di indagini per scoprirne di più sulla madre, Katarina Rostova.

Dopo aver scoperto che Solomon è riuscito ad evadere e che un gruppo di criminali ha intenzione di mettere le mani su una pericolosa arma nucleare, il team di Cooper è alle prese con una corsa contro il tempo per evitare un disastro. Nel frattempo Liz e Tom decidono di anticipare la data del loro matrimonio, nonostante le suppliche di Red e l'ennesimo avvertimento sulla vera natura del futuro marito.

Liz e Tom sono in fuga da Solomon ed i suoi mercenari, guidati da una misteriosa figura che riesce ad avere sott'occhio tutte le loro mosse. La corsa dei due mancati sposi viene interrotta quando a Liz si rompono le acque, costringendo Kaplan ad intervenire.

Ancora sconvolto dall'improvvisa morte di Liz, Red si reca a Cape May, in New Jersey, per un po' di solitudine. Il suo soggiorno però viene sconvolto l'incontro con una misteriosa donna in disperato bisogno di aiuto.

Devastati dalla morte di Liz, la task force dell'FBI continua le indagini nonostante un esplicito divieto, scoprendo che Keen era sorvegliata da un gruppo in grado di usare un network satellitare mondiale. Nel frattempo Red si confronta con una persona del suo passato che conosce molti dei suoi segreti.

Reddington acconsente ad aiutare Aram e la task force a rintracciare i colpevoli dietro il tentativo di rapimento di Liz, e la sua conseguente morte, attirando l'attenzione di Susan "Scottie" Hargrave, una figura potente, estremamente ingegnosa e pericolosa.

La task force viene messa al corrente su Alexander Kirk, l'uomo direttamente responsabile per la morte di Liz e attualmente alla ricerca della neonata, Agnes. Nel tentativo di farlo uscire allo scoperto, Tom ed il resto del team sono costretti ad unire le forze con Solomon e Hargrave, i quali intendono colpire i suoi illimitati fondi.