Novantasette anni fa, un Armageddon nucleare decima il pianeta Terra distruggendo la civilizzazione esistente. Solo 400 abitanti di 12 stazioni spaziali internazionali in orbita sopravvivono, e tre generazioni dopo i loro antenati si ritrovano a dover fare i conti con la mancanza di risorse.

Dopo aver scoperto che Jasper potrebbe essere ancora vivo, Clarke, Bellamy, Ottavia, Finn e Monty vanno in una missione per trovare il loro amico e sono scioccati da quello che trovano.

In un disperato tentativo di curare le ferite purulente di Jasper, Clarke, Finn e Wells si mettono alla ricerca di un antibiotico. Bellamy e il suo equipaggio vanno a caccia di cibo e a loro si unisce Charlotte, un'amabile tredicenne, che si sente al sicuro sotto la protezione di Bellamy.

Dopo la scioccante morte di uno del gruppo, Clarke e Finn si avvicinano mentre cercano di capire un modo per comunicare con Ark.

La storia d'amore tra Clarke con Finn è minacciata. Octavia subisce un colpo alla testa e appena sveglia trova un Grounder che la sta guardando. Sull'Arca, Abby espone il piano di Kane per ridurre la popolazione.

Bellamy conduce il suo equipaggio in territorio Grounder, alla ricerca di Octavia. Raven non può fare a meno di notare la profonda connessione tra Finn e Clarke.

Clarke e Raven riescono a ottenere un contatto con l'Arca, e Abby mette Clarke attraverso una procedura pericolosa in una mossa disperata per salvare uno di loro.

Clarke e Bellamy vanno in missione per trovare forniture per affrontare l'inverno. Alcuni dei 100 mangiano accidentalmente delle noci con potenti proprietà allucinogene. Nel frattempo, Octavia coglie l'occasione per aiutare un amico in fuga, e un evento terribile avvicina Clarke e Bellamy. Sull'Arca, il Comandante Shumway assegna segretamente a uno dei 100 il compito di uccidere uno dei suoi.

Clarke e Finn tentano di mediare la pace con i Grounder ma si scatena l'inferno quando Bellamy, Jasper e Raven si presentano armati e pronti per la battaglia. Ottavia e Lincoln si avvicinano. Nel frattempo, la tragedia colpisce durante la celebrazione del giorno dell'Unità sull'Arca.

Murphy torna al campo sostenendo di essere stato tenuto prigioniero e torturato dai Grounder, mentre Clarke e Bellamy hanno opinioni molto diverse su come gestire il suo ritorno. Octavia sgattaiola via per trovare Lincoln e ritorna con un serio avvertimento per i 100.

Durante una missione di caccia, Clarke e Finn vengono catturati dai Grounder. Nell'occasione, Anya costringe Clarke a salvare una vittima dell'esplosione. Nel frattempo, Raven deve fare i conti con la separazione da Finn.

Clarke e Finn sfuggono a una situazione pericolosa per poi ritrovarsi di fronte a un nuovo nemico. Bellamy compie una mossa eroica per salvare Jasper.