Durante un piantonamento, Jake e Rosa scoprono di aver messo i bastoni tra le ruote a delle indagini condotte dal loro idolo, la tenente Hawkins, la quale decide di accettare il loro aiuto in cambio di un posto nella sua task force. Nel frattempo Terry e Boyle cercano di risolvere uno scontro tra Scully ed Hitchcock, mentre Holt aiuta Amy ad esprimere la sua rabbia repressa.