Dopo aver trascorso l'infanzia nell'atmosfera protetta di un monastero, Mary Stuart, ora adolescente, arriva in Francia, dove è stata inviata per formalizzare il suo fidanzamento con il figlio del Re di Francia.

Un inviato dall'Inghilterra rivela a Mary che gli inglesi sono a conoscenza della fragilità della sua relazione con Francis, quindi i due sposini decidono di impegnarsi a mostrare al mondo la loro solidità.

Quando gli eserciti inglesi minacciano i confini della Scozia, Mary chiede aiuto al Re, ma quest'ultimo rifiuta di intromettersi. Nel frattempo, il figlio del re del Portogallo chiede di sposare Mary.

Mary deve prendere una difficile decisione: mentire e condannare così un uomo alla morte o restare ingabbiata nel fidanzamento con il Principe Francis. Nel frattempo, quest'ultimo ha dei sospetti sulle reali intenzioni di Tomas.

Olivia, un'ex amante di Francis, arriva al castello portando molti problemi con sé. Mary cerca conforto in Bash, ma quest'ultimo è minacciato dagli eretici per le sue ultime azioni.

Un tentativo di spaventare Mary porta la Regina Catherine a prendere delle misure drastiche per far sì che i colpevoli siano puniti. Nel frattempo, Francis chiede aiuto a Olivia per una questione.

Mary e Francis sono costretti a fare affidamento l'uno all'altra quando l'intero castello viene messo sotto assedio. Nel tentativo di salvare le loro vite, Catherine fa una proposta sorprendente.

Nostradamus rivela a Mary che un membro della corte morirà presto, e la ragazza di conseguenza prende una decisione difficile che cambierà per sempre la sua vita sentimentale e quella di Francis.

Quando Mary e Bash vengono catturati e costretti a fare ritorno al castello, scoprono che Catherine li sta aspettando ed è determinata a tenere separati Mary e Francis.

Quando il re Henry accisa la regina Catherine di tradimento e adulterio, si propone di salvarle la vita esponendo il passato oscuro di Bash. Mary e Bash vanno in missione per esporre un segreto ancora più grave circa il passato di Catherine. Intanto Nostradamus rivela una cosa sul fantasma del castello, Clarissa, che sconvolge tutti.

Quando Clarissa rapisce i bambini più giovani di Re Henry e della regina Catherine, Mary e Bash collaborano con la regina per trovarli, con esiti tragici. Intanto Lola cerca di aiutare suo fratello.

Con un matrimonio forzato incombente, Mary deve considerare sia il suo cuore che la sua nazione al momento di decidere chi sposerà - Francis o Bash - quando Francis torna in tribunale con Lola al suo fianco. A complicare ulteriormente le cose è la madre di Mary, Marie de Guise, che visita il castello con la sua agenda per Mary.

Mary torna dal suo viaggio di nozze e, sospettosa del comportamento strano di Lola, scopre un inganno che cambia tutto.

Con grande sgomento di Mary, Lola è riluttante a partecipare alla tradizione. Dopo un altro episodio di violenza con il sempre più irregolare King Henry, Kenna teme per la sua sicurezza e confida in Queen Catherine, mentre Bash sperimenta il terrore dei boschi e giura di scoprire la verità dietro il Buio.

Quando Francis accetta con riluttanza di aiutare Bash a scoprire la minaccia nel bosco, finisce in grave pericolo, solo con Bash per salvarlo. Nel frattempo, la follia del re genera il caos quando una serva vince al "Queen for the Day", e il re ha un'ossessione per lei.

Quando Mary viene a conoscenza di una clausola segreta nel suo contratto di matrimonio che sua madre, Marie de Guise e la regina Caterina hanno orchestrato, Mary e Francis si imbarcano in un piano pericoloso per rivoltare la Scozia contro la madre - e Mary ottiene il suo primo assaggio del potere come la regina di Scozia.

Quando James, il fratello di Mary, arriva in Francia e la convince a tornare in Scozia, Francis è sospettoso e scopre un complotto che potrebbe distruggere Mary. La spirale discendente di Re Henry continua, lasciando Penelope in carica, costringendo Catherine e Kenna ad adottare misure drastiche. Nel frattempo, Lola diventa diffidente in merito alla proposta di matrimonio di Lord Julien.

Quando lo zio di Mary, il duca di Guise, arriva in Francia con devastanti notizie su sua madre, Mary e Francis si rendono conto che sono combattuti tra il mettere il prima i loro paesi o salvare il loro matrimonio.

Mary arruola un mercenario per aiutarla, che la costringe a rendersi conto ci sono sacrifici e vite che è disposta a rischiare per salvare il suo paese. Francis abbraccia il suo ruolo di Delfino per condurre la Francia in una brutale battaglia contro l'Inghilterra, e trova un nuovo alleato in Leith. Nel frattempo, come Lola si avvicina a Lord Julien, si fa sempre più sospettosa che stia per tradirla.

Mary e Catherine formano un'alleanza improbabile al momento di decidere come affrontare il sempre più maniacale re Henry, che sta mettendo Francis in pericolo.