Il cronometro longitudinale, uno strumento che permetterà alla marina militare inglese di solcare i mari con precisione assoluta, viene rubato da una delle navi della Regina per mano degli uomini del presunto deceduto Barbanera. A bordo della nave, però, la spia inglese Tom Lowe - sotto copertura come medico - tenta di impedire che l'oggetto - e gli studi che lo riguardano - cadano nelle mani dei pirati.

Un rinomato pirata e vecchia conoscenza di Barbanera - il Capitano Sam Valentine - arriva al cospetto del famigerato pirata, il quale gli offre una nuova versione del cronometro longitudinale costruito da Balfour attraverso il progetto decodificato. Ma in cambio di cosa? Nel frattempo, Kate chiede aiuto a Lowe, preoccupata per la salute del marito James.

Kate si reca in una vicina isola in cui è solita intrattenere commerci con Padre Daniel, ma quest'ultimo - sotto minaccia - la consegna nelle mani degli inglesi e di Jagger, che la tortura per conoscere il nascondiglio di Barbanera. Nel frattempo, gli abitanti di Santa Campana si preparano all'evacuazione mentre Charlie viene ordinato di proteggere Selima.

Mentre James chiede l'aiuto di Lowe nel diventare libero dalla sua dipendenza, il dottore dell'isola scopre che Barbanera ta progettando un attacco agli inglesi in Giamaica: per farlo, ha bisogno di un esercito e di una mappa, al momento in mano agli spagnoli a Cuba. Nel frattempo, Jagger scopre che Finnegan ha mentito riguardo il cronometro e per catturare il nemico decide di affidarsi ad una misteriosa donna, sua prigioniera.

Lowe scopre dei piani di Barbanera per un violento attacco alle basi inglesi in Giamaica, e con la scusa di procurarsi uno strumento che potrebbe aiutare il pirata ad allieviare i suoi dolori, il dottore si reca da Jagger per avvisarlo. Nel frattempo, Selima tenta di conquistare le sue paure ed uscire dalla sua volontaria reclusione per farsi notare dagli abitanti dell'isola di Santa Campana.

Nonostante le rivendicazioni sulle sue buone intenzioni e sulle sue oneste preoccupazioni per la salute di Barbanera, Selima continua a diffidare di Lowe e del perché sia partito per la Giamaica. Nel frattempo, Rose paga le conseguenze della sua curiosità su ciò che Nenna nasconde, mentre Jagger continua a torturare Antoinette per sapere dove si nasconde il pirata.

Mentre la vita di Lowe è sempre più legata all'eventuale guarigione di Barbanera, quest'ultimo cade in un sonno profondo che lo porta indietro di otto anni, in una prigione e faccia a faccia con Jagger. Nel frattempo la spia inglese cade vittima dei piani di Nenna e Balfour nell'incastrarlo ingiustamente della morte di Rose.

In un momento di onestà, Barbanera confessa a Lowe i suoi piani di attacco verso la flotta spagnola, e quando chiesto la spia inglese acconsente a seguirlo. Selima però ha altri piani, e quando il pirata le chiede di sposarlo la donna accetta a condizione che porti con sé Charlie. Nel frattempo, a Santa Campana Kate informa il dottore dell'isola di essere incinta.