Il convoglio dei sopravvissuti umani viene attaccato dalle astronavi dei Cyloni ogni 33 minuti, nonostante i numerosi "salti" tra galassie. Il capitano Adamo pensa che ci sia un rilevatore a bordo o una spia.

Boomer si sveglia in una sorta di magazzino e scopre che alcuni detonatori sono stati derubati. Una serie di esplosioni causa la perdita del 60% delle riserve idriche del Galactica, che ora è costretto a trovare una nuova fonte su qualche pianeta.

Dopo aver individuato un pianeta con numerose riserve idriche, Lee ha un'idea: usare i prigionieri come forza lavoro. Il capo dei carcerati, un ex terrorista di nome Tom Zarek, sfrutta la situazione.

A causa di un incidente avvenuto nell'hangar, rimangono uccisi quasi venti piloti. Adamo incarica Scorpion di addestrare una nuova squadra, ma la donna è ancora turbata dalla morte del suo ex, figlio dello stesso Lee.

Kara scompare durante un combattimento. Lee e suo padre usano ogni risparmio di energie del Galactica per cercarla. Il presidente Roslin non è d'accordo con questa politica. Intanto su Caprica Helo e Boomer vengono attaccati dai Cyloni e la ragazza viene rapita.

Un agente dei Cyloni con le fattezze umane provoca una pericolosa esplosione a bordo del Galactica. Il presidente Roslin si vede costretta ad ammettere che gli alieni possiedono questa capacità mimetica, ma così facendo ben presto s'innesca una vera e propria caccia alle streghe.

Una donna porta ad Adamo una prova fotografica che dimostra che Baltar ha favorito il primo attacco dei Cyloni. Kara intanto si riprende lentamente, mentre Capo e Boomer cercano di far funzionare la navetta aliena.

Su una delle navi del convoglio viene individuato e arrestato un clone di un robot già ucciso. A Kara viene ordinato di interrogarlo e questi le rivela di aver poiazzato una bomba all'interno di una delle astronavi. Baltar intanto lavora al rilevatore di Cyloni.

Roslin viene a conoscenza di alcuni misteriosi viaggi effettuati dal comandante Apollo e inizia a nutrire qualche sospetto su di lui. In realtà l'uomo ha trovato a bordo di un'altra nave la moglie di Tight.

Il Galactica sta per esaurire il carburante, ma l'unico pianeta che conoscono come fonte di rifornimento è cosntrollato dai Cyloni. Di comune accordo con il presidente, Adamo decide di sferrare un attacco a sorpresa, ma la donna inizia ad avere delle visioni mistiche.

Tom Zarek si candida per il ruolo di vice presidente dei coloni. Per osteggiarlo, Roslin chiede a Baltar di contro candidarsi. Intanto su Cloud 9 viene assassinato un uomo da alcuni militari.

Il Galactica si trova vicino a un pianeta misterioso su cui ci sono i resti di un'antica civilità. Intanto il presidente Roslin ha una visione sulla freccia di Apollo e chiede a Kara di andare in missione su Caprica e cercare il mistico oggetto. Helo scopre la verità su Sharon, ma anche lei ha una sorpresa.