Fox Mulder e Dana Scully vengono contattati da Tad O'Malley, un popolare teorico della cospirazione sul web e conduttore televisivo che crede di aver scoperto una cospirazione governativa. Con l'assistenza del vice Direttore presso l'FBI Walter Skinner, O'Malley cerca l'aiuto degli ex agenti di X-Files Mulder e Scully, che da allora hanno interrotto i rapporti con l'FBI.

Quando uno scienziato si suicida in circostanze misteriose, Mulder e Scully indagano su quale forza invisibile possa averlo spinto a a farlo. Quello che scoprono è un laboratorio dove la sperimentazione genetica estrema è andata avanti per decenni, creando soggetti con poteri inaspettati e pericolosi.

Quando viene trovato un cadavere nei boschi, Mulder e Scully sono chiamati a verificare se si trattava di un attacco animale, un serial killer o forse una strana creatura, come descritto da alcuni testimoni oculari. Nel frattempo, Mulder cerca di affrontare alcuni dei suoi demoni.

Mulder e Scully indagano sull'omicidio di un funzionario della città, che a quanto pare nessun essere umano avrebbe potuto commettere. Nel frattempo, Scully si occupa di una tragedia personale che riporta alla luce molti vecchi sentimenti verso il bambino che ha dato in adozione.

Quando una galleria d'arte che ha in mostra un'opera potenzialmente offensiva subisce un attentato, Mulder e Scully cercano un modo per comunicare con l'autore dell'attentato al fine di prevenire un altro attacco. Nel frattempo, una coppia di giovani agenti dell'FBI al lavoro sul caso spinge Mulder e Scully a esaminare le loro convinzioni.