Fox Mulder e Dana Scully vengono contattati da Tad O'Malley, un popolare teorico della cospirazione sul web e conduttore televisivo che crede di aver scoperto una cospirazione governativa. Con l'assistenza del vice Direttore presso l'FBI Walter Skinner, O'Malley cerca l'aiuto degli ex agenti di X-Files Mulder e Scully, che da allora hanno interrotto i rapporti con l'FBI.