Ziva assiste per caso all'assassinio non autorizzato di un politico da parte di un agente del Mossad. Sapendo di essere in pericolo, fugge, fa perdere le sue tracce e chiede aiuto a Gibbs, ormai in pensione. L'FBI però si mette sulle sue tracce. Per la squadra guidata da DiNozzo sarà arduo dimostrare che Ziva è innocente.