La squadra, indaffarata dalla ricerca di un agente che possa sostituire Ziva, viene chiamata ad indagare su un caso: il passato continua però a riemergere nella testa degli agenti, che faticano a concentrarsi sul lavoro.

La squadra deve indagare sulla morte di un marine, avvenuta in modo quantomeno bizzarro. Inoltre due amici della vittima sembrano avere un passato oscuro e Gibbs capisce che per risolvere il caso dovrà rinvangare anche nel proprio passato.

Un blogger che aveva accusato il NCIS di aver insabbiato un caso viene ritrovato morto. La squadra allora non solo deve indagare su questa morte, ma anche riaprire il caso di cui il blogger aveva fatto denuncia: la morte di un comandante della marina.

La squadra NCIS viene chiamata ad indagare sull'omicidio di un marine il cui cadavere viene ritrovato dall'altra parte del mondo. Le indagini prendono una piega inaspettata quando si scopre che Ziva aveva una connessione con la vittima.

Un marine conosciuto tra i colleghi per i suoi scherzi viene ritrovato morto ad Halloween. La squadra NCIS viene chiamata ad indagare e presto scopre che forse sono proprio i suoi scherzi ad aver motivato l'omicidio.

Gibbs e la squadra dei NCIS si trovano tra le mani un duplice caso di omicidio che vede come vittime due mercenari. Il duplice omicidio porterà Gibbs a confrontarsi ancora una volta con Mike Franks, suo ex-mentore, onde evitare un sanguinoso conflitto internazionale.

Una killer nord-coreana, in cui la squadra si era già imbattuta qualche tempo prima, sembra essere tornata ad uccidere: stavolta il suo territorio di caccia è la città di Washington e l’obiettivo la famiglia di Vance. Il direttore deve quindi lottare contro il tempo e anche affrontare i demoni del proprio passato.

Un tentativo di rapina degenera causando la morte di un tenente e il black-out dell’intera città, che costringerà la squadra di agenti della Marina a rinunciare alla parte tenologica del loro lavoro per approcciare un metodo di indagine vecchio stile.

La morte di un marine conduce il team ad un gruppo di esperti del governo che si occupa di bambini prodigio e pare proprio che uno di questi bambini, di soli 12 anni, potrebbe essere nel mirino dello spietato killer.

L’agente Gibbs deve fare i conti con il ritorno a sorpresa del padre, giunto in città per trascorrere un breve periodo di vacanza con il figlio. Ma in realtà, la visita nasconde un terribile segreto. L'aria natalizia si tinge di giallo quando il figlio di un colonnello viene trovato morto. Il team d’investigazione inizia a credere che il ragazzo sia stato vittima di un crimine d’odio.

Un pilota della Marina impegnato nel testare alcuni progetti militari viene trovato morto in circostanze alquanto singolari e in una zona isolata; la squadra interviene per indagare ma un avvocato, che sembra avere del rancore nei confronti di Gibbs, renderà le cose complicate.

Un tentativo di omicidio colpisce un principe straniero in un luogo molto vicino alla casa del padre di Anthony DiNozzo. Proprio quest’ultimo sembra abbia un collegamento diretto al caso, ma in che modo?

Ziva e Tony devono scortare un testimone del governo per un caso di appropriazione indebita a Parigi nella sua abitazione. La cosa diventa complicata quando i due scoprono che sull’aereo di ritorno si trova un sicario pronto ad uccidere il testimone.

La squadra deve afforontare una difficile corsa contro il tempo dopo che un gruppo di terroristi minaccia di far esplodere una bomba sporca. La città di Washington è in pericolo e gli agenti devono fare di tutto per riuscire a salvare migliaia di persone.

Un marine viene trovato morto. Le indagini che seguono portano Ziva, Ducky e il resto della squadra a pensare che dietro al presunto omicidio ci sia un contrabbando di merce illegale che non è andato nel modo sperato.

L’ex matrigna di Gibbs fa il suo ritorno in città dopo essere stata chiamata a testimoniare in un caso di omicidio. L'agente dovrà quindi riuscire a coniugare l'impegno lavorativo con la propria vita privata.

L’agente Gibbs e la sua squadra vengono chiamati ad indagare sull’aggressione subita da un marine: le indagini proseguono come da routine ma alcune inaspettate verità sulla vita della vittima portano alla luce una serie sconcertanti risvolti.

Gibbs e il resto della squadra scoprono molte somiglianze tra le proprie modalità di operare e quelle della loro controparte, la squadra del CGIS (Coast Guard Investigative Services), durante delle indagini per risolvere il caso di un sommozzatore della marina viene ritrovato morto.

Gibbs sfrutta le conoscenze di Holly Snow per risolvere un caso spinoso nel mondo delle ragazze squillo, causando non poche tensioni all'interno della squadra. L'indagine è relativa ad un reporter della marina ritrovato morto, ultimo di una lunga serie di omicidi simili.

Un omicidio si verifica durante il lavoro notturno di un tecnico specializzato al Poligrafo, la macchina della verità utilizzata dalle forze dell'ordine. La squadra al completo viene chiamata a far luce sul caso.

DiNozzo si ritrova ad indagare sull’omicidio del fratello di una donna che non ha mai incontrato. Man mano che le indagini si snodano e nuovi indizi vengono rivelati, però, la ricerca diventa per lui una vera e propria ossessione.

La squadra è sulle tracce di un killer che ha ucciso un marine, mentre Abby si mette in viaggio con McGee verso il sud del confine, dove dovrà sfoggiare le sua doti oratorie pronunciando un importante discorso.

La squadra è scossa dalla morte di un collega: la tensione è talmente alta che Gibbs crede che le persone intorno a lui siano destinate a morire; non solo, l’uomo riesce anche a scoprire un nuovo dettaglio sul crimine.