Ricompare il cadavere La Grenouille e la squadra NCIS finisce sotto l'investigazione dell'FBI: Jenny è la prima sospettata per l'omicidio. La squadra si riunisce in segreto a casa di Gibbs e inizia un'investigazione per conto proprio. Nel frattempo, ricompare Jeanne che accusa Tony per l'omicidio.