Quando sembra che uno dei detective abbia fatto fuoco contro un uomo disarmato su una trafficata banchina della metropolitana di Boston, la squadra deve lottare per trovare il vero assassino. Ma ben presto, diventa chiaro che le circostanze di questa sparatoria sono tutt'altro che chiare.

Jane e Maura si ritrovano sommerse nel mondo spietato della gare di pesca quando il leader di un'importante competizione viene ucciso. Intanto, Frankie paga il prezzo di una scommessa.

Jane e Maura sono chiamate a indagare a una "Body Farm" (una struttura dedicata allo studio della decomposizione umana) quando una vittima di omicidio viene trovata sepolta in una fossa poco profonda. Angela ha dei segreti di cui sta tenendo Jane all'oscuro.

L'uccisione di un ladro famigerato porta Jane e Maura nel mondo delle rapine d'arte e dei falsi, e costringe Jane a ballare il tango con un agente dell'FBI che ha un forte interesse sul suo caso. C'è anche un nuovo uomo nella vita di Angela.

L'omicidio di un tecnico informatico scuote tutta la squadra. Quando si pensa che il tecnico aveva manipolato le prove per i casi del Boston Police Department, Maura è sospesa dalla sua posizione. Jane è determinata a catturare l'assassino e ripulire il dipartimento così che Maura possa essere reintegrata.

La buona notizia è che abbiamo un testimone di un omicidio. La cattiva notizia è che soffre di Prosopagnosia, comunemente nota come incapacità di riconoscere i volti. Intanto, i Rizzoli si preparano per una visita a Carlo.

Quando una ragazza di sedici anni viene uccisa e lasciata in una gabbia, Jane e Maura devono superare il dilemma etico di uno psichiatra e la dura opposizione di un pubblico ministero, che vuole trovare l'assassino. Nel frattempo, Jane ha problemi con il lettino dell'analista, e Frankie sta vedendo degli UFO.

Quando muore un gioielliere molto famoso di Boston, le indagini portano a un membro della famiglia Isles. E questa scoperta porta ad un segreto che Maura ha mantenuto per quasi tutta la sua vita.

L'omicidio di uno studente di college prende una strana piega quando Jane e Maura scoprono che aveva 32 ragazze. Scoprire chi lo ha ucciso e perché le conduce in un mondo di sviluppatori di app, fidanzati virtuali e relazioni costruite su menzogne. Nel frattempo, Korsak finalmente introduce a tutti la nuova donna della sua vita.

Quando un addestratore di cani viene trovato morto in casa, il suo Rottweiler più decorato è il primo sospettato. Mentre la squadra indaga su questa improbabile assassino, Maura ha una speciale interazione con Kent.

Quando viene trovato a Boston un cadavere con dei collegamenti con un altro omicidio avvenuto a Los Angeles, Jane e Maura salgono su un aereo. Con le ragazze fuori città, Angela e Korsak organizzano un doppio appuntamento con Kiki e Ron.

Quando viene trovato un vecchio orologio all'interno di un palloncino di cocaina nello stomaco di una donna morta, il senso di questa scoperta diventa la chiave per proteggere Jane... e le persone che ama.

Maura viene rapita e Jane e il resto del team devono fare tutto il possibile per trovarla prima che le venga fatto del male. Mentre è in prigionia, Maura scopre una cospirazione che ha come obiettivo proprio Jane.

Una guardia di sicurezza all'interno di un'erboristeria riesce a fermare una rapina, finendo ferita ma riuscendo a uccidere uno dei ladri. La squadra inizia le indagini e trova molte domande senza risposte.

Una donna viene trovata assassinata in una scena macabra che ricorda un film horror, portando la squadra a scoprire un "gioco" spaventoso in cui la gente paga per sperimentare il terrore.

Quando infuria uno scontro a fuoco in un quartiere tranquillo lasciando un morto sul terreno, Jane e Maura sono catapultate nel mondo segreto di una banda dell'Europa orientale. Maura inizia a star male mentre si destreggia fra lavoro e casa, e Angela e Kent prescrivono diversi rimedi casalinghi dall'effetto sorprendente.

Il tempo passa mentre la squadra lavora per risolvere un omicidio con conseguenze esplosive. Angela si tira indietro quando Ron le propone una fuga romantica.