Tre anni dopo il misterioso evento che ha portato alla scomparsa di milioni di persone dalla faccia della terra, gli abitanti di Mapleton celebrano l'anniversario istituendo il "Giorno degli Eroi", onorando gli scomparsi della città. Kevin Garvey, il capo della polizia, è preoccupato non solo per la sicurezza dei suoi figli - Jill e Tom - ma anche per l'inquietante presenza di un gruppo di donne e uomini che si fanno chiamare "The Guilty Remnant".

Un violento raid viene ordinato dall'FBI nel ranch che ospita il culto orbitante attorno a Wayne, costrigendo quest'ultimo, Christine e Tom alla fuga. Nel frattempo, Kevin comincia a sospettare dell'esistenza dell'uomo che ha ucciso i cani quando le persone intorno a lui sembrano convinti che il suo esaurimento gli dia allucinazioni, mentre Meg cerca di abituarsi alla nuova vita insieme ai Guilty Remnant.

Il Reverendo Jamison continua la sua battaglia per far capire agli abitanti di Mapleton che alcune delle persone scomparse il 14 Ottobre non sono degli eroi come credono, ma questa sua ossessione porta a dolorose conseguenze. Nel frattempo, la banca lo informa che qualcuno ha fatto un'offerta per la sua chiesa e Matt chiede aiuto economico alla sorella, Nora, per poterla salvare.

Natale si avvicina e Garvey incontra Patti alla stazione di polizia chiedendole di non rovinare l'annuale ballo natalizio con la presenza dei Guilty Remnants. Nel frattempo, il viaggio di Christine e Tom viene interrotto da uno sconosciuto che accusa la ragazza di "camminare sopra i cadaveri", mentre qualcuno ha rubato Gesù bambino dal presepe del paese.

Un cruento episodio di violenza che ha come oggetto uno dei membri dei GR ha conseguenze sia sul culto che sulla città di Mapleton. Garvey chiede che sia stabilito un coprifuoco, al quale gli abitanti si rifiutano categoricamente, mentre Laurie soffre un attacco di panico che Patti decide di risolvere concedendole un giorno di "riposo". Nel frattempo, Matt Jamison viene considerato l'unico sospettato dell'attacco.

Dopo aver ufficializzato il divorzio dal marito, tra le "vittime" del 14 Ottobre, una sempre più sconsolata e distrutta Nora si reca a New York per l'annuale conferenza sugli scomparsi e su come superare la loro assenza. Una volta sul posto, però, si accorge che qualcuno ha il suo badge e si sta spacciando per Nora Durst, scatenando una serie di eventi che la portano al cospetto di Wayne.

Una scommessa finita male tra Jill e i suoi amici porta la ragazza ad un faccia a faccia con il nonno, Kevin Garvey Sr., evaso dalla casa di cura e in cerca di soldi per procurarsi un oggetto da dare al figlio. Nel frattempo - con la gravidanza di Christine in stato avanzato - Tom riceve una telefonata da uno scostante Wayne, che gli ordina di lasciare metà dei soldi in suo possesso in un luogo prestabilito.

Dopo una scomoda cena in famiglia, Kevin si addormenta per poi risvegliarsi al mattino nel mezzo di una foresta a Cairo, nello stato di New York, insieme a Dean: Garvey non ha nessuna memoria di come ci sia arrivano e sopratutto non ricorda di aver assalito e rapito un membro dei Guilty Remnant. Nel frattempo, Gill fa fatica ad accettare il fatto che Nora, la nuova compagna del padre, possa essere serena dopo la scomparsa della sua famiglia.

Il giorno prima della sparizione, la famiglia Garvey si prepara ad onorare Kevin Sr. e celebrare il fatto di essere stato eletto Uomo dell'Anno. Nel frattempo, Nora è pronta a bilanciare famiglia e lavoro quando decide di provare a diventare manager della campagna elettorale del futuro sindaco, mentre Patti confida alla sua psicologa - Laurie - di avere un brutto presentimento.