La città di Miracle, precedentemente conosciuta come Jarden, è all'altezza del suo nuovo nome, visto che i quasi dieci mila abitanti sono tutti usciti indenni dall'evento che ha decimato la popolazione mondiale. Dopo l'arrivo di Matt come nuovo pastore della comunità, Kevin, Nora e Jill vi si trasferiscono, proprio accanto ad una delle famiglie più prominenti della cittadina, i Murphy.

La settimana che precede il loro trasloco vede la famiglia Garvey ufficializzare la nuova arrivata, mentre Kevin continua ad essere disturbato dalla presenza di Patty. Grazie ad una generosa offerta sulla sua vecchia casa, Nora nel frattempo è in grado di acquistarne una nuova a Miracle.

Dopo l'incendio che l'ha allontanata dalla figlia, grazie all'aiuto del figlio Tom Laurie ha cominciato ad organizzare incontri per i membri dei Guilty Remnants che vogliono distaccarsi ed allontanarsi dal culto e dalle loro convinzioni. Allo stesso tempo l'ex moglie di Kevin sta scrivendo un libro sulla sua esperienza nella speranza di vederlo presto pubblicato.

Dopo il violento terremoto che ha colpito Miracle, Nora si sveglia da sola e teme il peggio, ma quando Kevin torna a casa i due decidono di aiutare nelle ricerche delle ragazze scomparse. Nel frattempo John pensa che Isaac Rayney abbia a che fare con il tragico destino della figlia, mentre Matt rivela uno scioccante particolare sulla salute della moglie.

Matt porta la moglie Mary oltre i confini di Miracle per un controllo, nella speranza che qualcosa sia cambiato, qualcosa che possa sperare in un'uscita dallo stato comatoso di cui è affetta. Ma quando la coppia cade nella trappola di uno dei tanti disperati che cercano di entrare nella città, le possibilità di farvi ritorno diminuiscono sempre di più.

Il misterioso evento che ha coinvolto Evie e delle sue amiche sta attirando l'attenzione della stampa nazionale, mentre Nora è vittima delle insistenze di uno scienziato che vuole indagare sulla sua possibile influenza nella scomparsa. Nel frattempo Erika si rifiuta di rispondere alle domande dell'emissario inviato dal Dipartimento dell'Improvvisa Dipartita, mentre Matt è ancora esonerato al di fuori delle mura di Miracle.

Kevin si sveglia ammanettato al letto in una casa vuota, e —nel tentativo di rintracciare Nora— l'ex poliziotto scopre di aver parlato con il padre di John la notte in cui la figlia è scomparsa, e che l'uomo avrebbe una soluzione alle sue allucinazioni. Nel frattempo Laurie si reca a Miracle, convinta che il figlio Tom sia con la famiglia Garvey.

Dopo aver acconsentito ad un'estrema soluzione, Kevin si sveglia disorientato nella vasca da bagno di un hotel, il cui concierge altri non è che Virgil. Quest'ultimo gli consiglia di non bere l'acqua e di seguire le sue istruzioni su come sbarazzarsi di Patty; una volta eseguite, sarà "liberato".

Dopo aver perso la madre il giorno prima dell'evento che ha cambiato il mondo, Meg si reca a Miracle in cerca di risposte. Anni dopo, Tom si scopre stufo di essere usato, e l'infuenza di Meg e dei Sopravvissuti lo fa allontanare definitivamente dalla madre.