Dopo la separazione di Firestorm in Ronnie e il dr. Stein, Wells è convinto che i due siano ormai al sicuro ma ignora che l'esplosione nucleare che ha causato la rottura ha allertato l'esercito ed in particolare il generale Eiling. Nel frattempo Joe confessa a Barry di aver indagato sull'evento che ha portato alla morte della madre, mettendolo al corrente della scoperta fatta da Cisco.