Il detective Jim Gordon è nuovo in città, ma è già risoluto sul suo obiettivo: eliminare la corruzione che dilaga a Gotham. L'occasione si presenta quando Thomas and Martha Wayne vengono brutalmente uccisi davanti al figlio Bruce, e quando le indagini portano alla scoperta di un innocente incastrato per mano delle mele marce della criminalità organizzata: Fish Mooney e Carmine Falcone.

Mentre Oswald - il futuro Pinguino - cerca di raggiungere di nuovo Gotham assetato di vendetta, Gordon e Bullock indagano su un losco traffico di ragazzini di strada organizzato per conto di un certo "Dollmaker", e che arriva a coinvolgere anche Selina Kyle. Nel frattempo, Fish Mooney deve fare i conti con la spietatezza di Don Carmine, che sa delle sue manie di potere.

I detective Gordon e Bullock indagano su un vigilante che uccide i cittadini corrotti di Gotham attaccandoli a palloni aerostatici, il quale viene subito soprannominato dai media "Balloonman". Nel frattempo, Cobblepot torna in città e si fa strada nel crimine organizzato di Gotham, mentre Montoya e Allen sospettano sempre di più della complicità di Jim nella sua presunta morte.

Mentre Fish Mooney cerca una nuova "arma" da inserire nel suo staff, il voto sul futuro di Arkham si avvicina ed una misteriosa minaccia mette in pericolo i politici su entrambi i fronti. Nel frattempo, Gordon viene tormentato dal ritorno di Cobblepot a Gotham - che intanto si è fatto strada sotto gli occhi del boss Sal Maroni - proprio mentre la fidanzata Barbara comincia a dubitare della sua integrità sul lavoro.

Una nuova droga si diffonde per le strade di Gotham causando in un primo momento euforia, seguita da un orribile morte; Bullock e Gordon si mettono sulle tracce del produttore, ma quest'ultime portano direttamente ad un azienda associata alla Wayne Industries. Nel frattempo, Cobblepot cerca di entrare nelle grazie di Sal Maroni raccontandogli la sua storia, mentre il piano di Mooney contro Falcone viene messo finalmente in atto con l'uso di Liza.

Bullock si ritrova faccia a faccia con il passato quando la primogenita di una delle tante famiglie benestanti di Gotham viene trovata uccisa con lo stesso modus operandi di un vecchio caso. Nel frattempo, per non perdere Barbara Gordon decide di confessarle cosa sia veramente successo con Cobblepot, mentre quest'ultimo torna dalla madre e Montoya trova un testimone per incastrare il giovane detective.

Il ritorno a Gotham di Cobblepot e la rivelazione di essere sopravvissuto all'ordine di uccisione crea scompiglio nei vari clan in lizza per il controllo della città. Fish e Nikolaj continuano a tramare alle spalle del Don, mentre Jim si ritrova sotto attacco per averlo sfidato. Nel frattempo, nuove alleanze sono all'orizzonte e Bullock deve decidere da quale parte schierarsi.

Dopo aver trovato il cadavere di un uomo brutalmente ucciso, Bullock e Gordon indagano su un uomo d'affari e sulla sua abitudine organizzare lotte mortali tra i suoi dipendenti. Nel frattempo Mooney istruisce Liza sul prossimo passo da attuare per avere Falcone in pugno, mentre Bruce è vittima di un bullo una volta ritornato a scuola.

Un giovane e determinato Harvey Dent decide di collaborare con Montoya, Allen e Gordon per la cattura dei responsabili dell'omicidio dei genitori di Bruce, ma l'unico asso nella manica che hanno è la volatile Selina Kyle, messa al sicuro nella residenza Wayne. Nel frattempo, nel tentativo di saperne di più sulla misteriosa Liza, Cobblepot scopre per chi lavora, mentre un esperto di bombe viene fatto evadere dalla prigione in cui è detenuto.

Quando la quiete nella tenuta degli Wayne viene disturbata da un gruppo di assassini alla ricerca di Selina Kyle, quest'ultima e Bruce fuggono in direzione di Gotham, mentre Gordon indaga sul movente, convinto che ci sia lo zampino di LoveCraft. Nel frattempo, Falcone mette tutti i suoi associati sulle spine confessando di sapere che all'interno dei suoi "fidati" si sta insidiando una talpa.

Gordon, ormai rilegato ad una posizione di semplice guardia all'istituto psichiatrico di Arkham, si accorge che qualcuno sta usando dei metodi poco ortodossi nel sedare i pazienti più problematici, pratica confermata dalla dottoressa Leslie Thompkins. Nel frattempo Cobblepot decide di abusare dei suoi poteri, pagandone le conseguenze, mentre Fish teme che Butch possa voltarle le spalle nella sua ascesa al potere.

Dopo essere evaso da Arkham, Jack Gruber (aka Electrocutioner) si aggira indisturbato per Gotham in attesa di sferrare il suo prossimo attacco, che vede vittime Sal Maroni ed i suoi uomini, compreso Cobblepot. Nel frattempo, Fish mette a punto la sua mossa definitiva per affondare Falcone fingendo il rapimento di Liza, mentre Gordon si impone sul Commissario del GCPD per poter tornare in servizio.

Un innocente testimone viene brutalmente ucciso mentre si trova al distretto di polizia del GCPD, e Gordon - appena ritornato nei panni di detective - teme che il colpevole possa trovarsi all'interno delle forze dell'ordine. Nel frattempo Falcone ordina che Mooney venga torturata, e Cobblepot coglie l'occasione per impadronirsi del suo locale.

In fuga da Gotham, Mooney decide di chiamare Maroni e confessargli il doppio gioco di Cobblepot, mentre Gordon e Bullock si trovano sulle tracce di un assassino seriale che mette le sue vittime di fronte alle loro peggiori paure. Nel frattempo Essen è costretta a sospendere Nygma, a causa della sua costante intrusione nel lavoro del patologo del distretto.

Bullock e Gordon scoprono l'identità dell'assassino seriale che opera sulle proprie vittime: Gerald Crane è un ex professore di biologia ossessionato dalla paura e da come sconfiggerla, tanto da arrivare a mettere in pericolo la vita del figlio Jonathan. Nel frattempo Leslie ottiene il posto di medico legale del distretto di polizia di Gotham, mentre Bruce onora il ricordo del padre rispettando una tradizione.

L'appuntamento romantico al circo di Gordon e Leslie viene interrotto quando due famiglie, i Lyod ed i Greysons, si azzuffano a causa di una vecchia faida ancora non risolta, un evento che porta alla scoperta di un cadavere per il quale le due fazioni si accusano a vicenda. Nel frattempo, Victor Zsasz si presenta nel nuovo locale di Cobblepot con una sorpresa, mentre Fish prende il comando dei prigionieri.

Mentre Gordon e Bullock indagano su una gang di rapinatori di banche caratterizzata dal cappuccio rosso indossato da uno dei membri, Selina ed Ivy continuano il loro soggiorno da Barbara. Nel frattempo una vecchia conoscenza di Alfred, Reggie Payne, bussa alla porta di casa Wayne in cerca di rifugio, mentre Fish Mooney viene messa alle strette dall'uomo che gestisce il luogo in cui si ritrova prigioniera.

Gordon viene a sapere che Loeb ha salvato Flass dall'accusa che pendeva sulla sua testa — e che il corrotto collega rischia di diventare Presidente del sindacato — una scoperta che porta il detective ad unirsi a Dent per cercare quali scheletri nasconda il Commissario. Nel frattempo Fish tenta di farsi strada nel terrificante mondo del dottor Dulmacher, mentre Alfred non confessa l'identità del suo aggressore alle autorità.

Un insospettabile e giovane poliziotto del GCPD chiede aiuto a Gordon per un caso ancora irrisolto riguardante una giovane donna, il cui cadavere è stato ritrovato dopo quattro mesi di assenza. Nel frattempo Cobblepot mette in atto uno dei suoi piani, mentre Fish tenta di fuggire dalle grinfie di Dullmacher e Bruce cerca di rintracciare Reggie Payne.

Mentre le indagini sui suoi crimini continuano, l'Orco cerca di avvicinarsi a Barbara, credendola ancora la fidanzata di Gordon. Nel frattempo Bruce e Selina cercano di rivelare la corruzione all'interno della Wayne Enterprises, mentre Nygma cerca di proteggere Kristin quando scopre che il suo nuovo ragazzo è un uomo violento.

Mentre Cobblepot organizza un incontro che potrebbe scatenare una guerra tra criminali, Nygma tenta di sbarazzarsi delle prove del suo crimine. Nel frattempo Barbara si rende conto di cosa sia capace Jason, mentre Bullock e Gordon sono ancora in alto mare con le indagini.