Bullock e Gordon scoprono l'identità dell'assassino seriale che opera sulle proprie vittime: Gerald Crane è un ex professore di biologia ossessionato dalla paura e da come sconfiggerla, tanto da arrivare a mettere in pericolo la vita del figlio Jonathan. Nel frattempo Leslie ottiene il posto di medico legale del distretto di polizia di Gotham, mentre Bruce onora il ricordo del padre rispettando una tradizione.