Cobblepot è il nuovo Re di Gotham, ed è a lui che Jim Gordon chiede aiuto dopo l'ennesimo tentativo di Loeb di screditarlo. Nel frattempo due nuovi arrivati in città —i fratelli Theo e Tabitha Galavan— cercano alleati tra i detenuti del manicomio di Arkham, mentre Bruce continua invano a cercare di entrare nel covo sotterraneo del padre.

In seguito alla sua reintegrazione nel dipartimento, Gordon viene incaricato di occuparsi di un caso importante, l'evasione dal manicomio di Arkham di un gruppo di pericolosi detenuti. Nel frattempo Galavan pianifica la sua prossima mossa, mentre Alfred chiede aiuto a Lucius Fox, e Nygma trova il coraggio di farsi avanti con Kristin Kringle.

Gordon si mette sulle tracce del maniaco che ha ucciso il Capitano Essen, e per farlo decide di far visita ad una vecchia conoscenza. Nel frattempo Leslie, Bruce ed Alfred partecipano ad un gala di beneficenza per il Gotham Children's Hospital, un evento che si trasforma in tragedia quando Jerome decide di fare il suo ingresso insieme a Barbara.

Il Capitano Nathaniel Barnes arriva al GCPD e prende in mano le redini del distretto come nuovo commissario, licenziandone i membri corrotti ed organizzando una nuova squadra d'assalto composta da giovani ed onesti cadetti. Nel frattempo Galavan è ad un passo dalla candidatura a sindaco di Gotham, ma per portare avanti il suo piano ha bisogno di avere in pugno il Pinguino.

La rivalità tra i Galavan e gli Wayne viene finalmente rivelata, mentre Theo -il quale ancora tiene prigioniera Gertrud- ordina a Cobblepot di mettere in atto una serie di incendi affidandosi ai piromani fratelli Pike. Nel frattempo il repulisti del crimine promesso da Barnes comincia a dare i suoi frutti quando le finanze del Pinguino vengono danneggiate.

Nonostante l'aiuto di Selina Bridgit Pike viene rapita dai fratelli, ma la ritrovata scintilla di coraggio le permette di riprendere il controllo del suo futuro. Nel frattempo Nygma pensa che Kristen sia pronta per scoprire la verità, mentre Cobblepot spera che Butch possa scoprire dove Galavan tenga prigioniera sua madre.

Libero dai vincoli che lo legavano a Cobblepot, Butch conduce quest'ultimo in una trappola in cui il Pinguino rischia la propria vita e quella della madre. Nel frattempo Theo Galavan si prepara ad essere investito ufficialmente del ruolo di sindaco di Gotham, mentre Nygma affronta le conseguenze del tragico crimine che ha commesso, e delle azioni del suo alter ego.

Mentre Nygma si trova faccia a faccia con una vecchia conoscenza, Barbara è pronta per la sua vendetta dopo aver saputo che Gordon sarà il suo prossimo obiettivo. Nel frattempo il nuovo sindaco di Gotham propone a Bruce Wayne un generoso scambio, mentre Gordon e Bullock seguono una soffiata sapendo che probabilmente si tratta di una trappola.

Tabitha vuole vendicarsi, e per farlo chiede aiuto a qualcuno che potrebbe smuovere l'intera città nel tentativo di uccidere Gordon, una donna che affida l'incarico ad uno degli assassini più pericolosi della città, Eduardo Flamingo. Nel frattempo Nygma tenta di rimettere in sesto Cobblepot, mentre Bruce crede che Silver St. Cloud conosca il contenuto della busta che Galavan stava per consegnargli.

Bruce e Selina mettono a punto un piano per scoprire il nome dell'assassino che Galavan era pronto a fornire in cambio di una generosa quota della Wayne Enterprise, ma quando Silver viene rapita l'obiettivo sembra sempre più lontano. Nel frattempo Bullock e Gordon seguono la pista che li porta dritti a Padre Creel e al suo ordine religioso, imperterrito nel cercare di colpire il loro prossimo obiettivo, il Figlio di Gotham.

Silver comincia a provare rimorso in seguito al rapimento di Bruce e alla sua imminente esecuzione, ma nonostante questo Galavan le assegna una nuova missione. Nel frattempo Gordon si sveglia a casa di Nygma, dove Cobblepot gli propone un'alleanza per sconfiggere il loro comune nemico, mentre Lucius Fox si accorge della scomparsa di Alfred.

Gordon viene reintrodotto nel distretto dopo essere stato scagionato dall'accusa di omicidio, mentre la polizia di Gotham è alla ricerca di Copplepot. Nel frattempo una serie di rapimenti conducono le indagini verso Victor Fries, un ingegnere esperto in criogenetica alla disperata ricerca di una cura per la moglie Nora, in fin di vita.

Mentre Strange comincia a sottoporre Cobblepot ad una terapia per ridurre la sua aggressività, Gordon decide di usare Nora Fries come esca per attirare l'attenzione di Victor, trasferendo la moglie nell'ala medica di Arkham. Nel frattempo Leslie comincia a dubitare dell'onestà di Jim sul caso Galavan.

Alfred viene messo KO nel tentativo di scoprire dove si nasconda Matches Malone, il che permette a Bruce di avventurarsi da solo alla ricerca del colpevole per la morte dei suoi genitori. Nel frattempo la terapia di Strange contro l'aggressività di Cobblepot sembra funzionare, mentre Lee chiede a Gordon di indagare sulla misteriosa scomparsa di Kristen Kringle.

Mentre Cobblepot si ritrova faccia a faccia con il padre, Gordon e Bullock indagano su una serie di indizi lasciati all'indomani di una rapina ad un museo, ignorando che il colpevole sia Nygma. Nel frattempo il passato del futuro commissario di Gotham torna a tormentarlo quando un'anonima fonte minaccia di rivelare la verità sull'omicidio di Galavan.

Gordon si rassegna alla vita in prigione, ma quando gli viene tolta la custodia protettiva l'ex detective affronta nuove minacce e nuovi pericoli, costringendo Bullock a chiedere aiuto ad un vecchio nemico. Nel frattempo Cobblepot si fa spazio all'interno della sua nuova famiglia, la quale teme ripercussioni su un'eventuale eredità.

Nel tentativo di provare la sua innocenza, Gordon ruba il dossier sul suo caso e propone a Nygma di aiutarlo. Nel frattempo Cobblepot viene a sapere del ruolo che la suona nuova famiglia ha avuto nella morte del padre, una scoperta che lo risveglia dal condizionamento.

Dopo essere riuscito ad accedere al computer del padre grazie all'intervento di Fox, Bruce scopre che Thomas Wayne aveva un appuntamento con una certa Karen Jennings proprio la settimana in cui i suoi genitori sono stati uccisi. Nel frattempo Strange continua i suoi esperimenti con la resurrezione, mentre Barbara cerca di convincere Jim ad accettare il suo aiuto nelle indagini.

Mentre Gordon cerca di avere conferme sul coinvolgimento di Strange nel Progetto Chimera, quest'ultimo riesce a domare un violento Galavan, recentemente resuscitato, e a fargli credere di essere Azrael. Nel frattempo Nygma cerca di usare i suoi talenti per gestire gli instabili detenuti di Arkham e convincere Strange di poterlo aiutare nell'affondare un nemico comune.

Azrael è a piede libero e Cobblepot è pronto alla vendetta, mentre Gordon e Bullock collaborano con Tabitha per riuscire a rintracciare Galavan anticipando la sua prossima mossa. Nel frattempo Bruce chiede aiuto a Selina per cercare di incastrare Strange con la promessa di poter salvare l'amica Bridgit Pike.

Gli esperimenti di resurrezione ad Indian Hill continuano, e Strange rimane colpito dal fatto che una delle sue cavie sia in grado di ricordarsi della sua passata identità. Nel frattempo Bruce è costretto ad un incontro con il professore dopo aver messo in pericolo Selina, mentre Lucious Fox trova un modo per far sì che Gordon possa intrufolarsi ad Arkham.