Sotto controllo del generale Tobias Shepherd, Molly è costretta a mentire davanti al Congresso sugli eventi che hanno portato alla morte di Ethan, e allo stesso tempo è costretta a fare i conti con il possibile tradimento di John con Julie. Sei mesi dopo, Molly si ritrova ricoverata dopo un tragico evento che l'ha resa instabile e piena di rabbia, e il suo viaggio si incrocerà con quello JD Richter.