La squadra Sanctuary cerca disperatamente di raggiungere Kali e impedire un evento catastrofico che potrebbe uccidere milioni di persone nel mondo. Nel frattempo Will, ancora a Mumbai, deve combattere per sopravvivere.

Seconda parte della puntata doppia che apre la terza stagione. Will soffre ancora di amnesia dopo il suo incontro con Kali. Continua però ad avere blackout e visioni che potrebbero aiutarlo a ritrovare tracce del suo passato.

La squadra entra in una banca per prendere possesso di un uovo all'interno di una cassetta di sicurezza. Si scopre però che esso è già stato preso da qualcuno e che quindi l'essere all'interno dell'uovo potrebbe aver già preso possesso di un corpo.

La squadra si reca nelle montagne della Colombia per rispondere ad un SOS mandato da Tesla, che è imprigionato in un materiale creato da centipedi evoluti. Dopo averlo salvato la squadra scopre l'esistenza di un laboratorio di ricerca segreto.

Un gruppo di mercenrari cerca di impadronirsi degli insetti che hanno creato l'uniforme di Walter. Durante la colluttazione gli insetti si attaccano alla pelle di Kate, garantendo a lei i super poteri.

Henry vuole sapere qualcosa in più sul suo passato. Lui e Will decidono allora di partire per l'Inghilterra e visitare un centro che ospita lupi mannari. In questo istituto scopre che ai pazienti viene somministrata una medicina che permette loro di non trasformarsi.

Magnus lotta per la sua sopravvivenza in un edificio abbandontato. Per salvare la Hollow Earth dovrà poi fare un patto con il diavolo...un diavolo che sembra essere tornato dalla morte per minacciare il futuro dell'umanità.

Tesla rimane affascinato dalla scoperta di una nuova tecnologia. Henry cerca di calmarlo ma l'eccitazione è troppo forte e i due cercano di scoprire da dove la tecnologia proviene e se può nascondere della materia organica.

Will accetta l'offerta di Adam di mostrargli la strada che porta alla città nascosta. Magnus però è sospettosa e cerca di fargli cambiare idea, non fidandosi delle promesse dell'uomo.

Magnus rivela ad Adam di essere in procinto di partire per la città nascosta. Lui avverte la donna che in quel luogo la aspettano grandi pericoli, ma lei insiste nei suoi propositi promettendo di tornare indietro con la cura per le radiazioni.

Ranna fa resuscitare Magnus per scoprire cosa è successo a Gregory. Magnus decide di offrire il suo aiuto ma solo a patto che anche il resto della squadra venga fatto resuscitare. Nel frattempo Worth cerca di rubare un apparecchio molto potente.

Magnus ritorna nell'ormai dimesso Sanctuary poche ore prima che esso venga ispezionato dal direttore di una squadra dell'ONU. Nel luogo incontra Henry, che sostiene di essere stato attaccato da Will, e scopre che Bigfoot è sparito.

Will cerca di trascorrere una serata tranquilla con Abby, ma i due vengono sequestrati durante il tragitto al ristorante. A rapirli è stato il capo di una banda di criminali che è disperato perché sta andando incontro ad una morte certa.

La squadra deve riaprire un'investigazione del 1971 che riguardava la morte di una giovane ragazza che lavorava in un circo. Le prove ritrovate indicano che la ragazza è stata uccisa come risultato di un sabotaggio deliberato.

Will e Henry portano le loro rispettive donne fuori per una cena romantica. Le cose si complicano, però, quando del materiale che dovevano consegnare prima della cena inizia a rilasciare del gas causando lo svenimento di Abby.

Magnus e Tesla indagano nell'Africa orientale, in un vecchio accampamento Praxiano, e scoprono che a un certo punto è stato conquistato da un gruppo di vampiri. Insieme trovano la tomba della regina e per sbaglio la fanno resuscitare.

L'intero episodio è ambientato in Normandia nel giorno del D-day, il 5 giugno 1944. Magnus, Watson e Griffin lavorano con la resistenza francese per distruggere un apparecchio che i nazisti stanno utilizzando per cambiare le sorti della guerra.

La squadra viaggia fino a Carentan, in Normandia, per indagare su un gran numero di sparizioni improvvise nella zona. Quando però arrivano sul posto, scoprono che l'area è ben difesa da un gruppo militare clandestino.

Magnus e Will si ritrovano a vivere come tranquilli vicini di casa in un quartiere residenziale, senza nessun ricordo del Santuario. Will è un rispettato chirurgo sposato con Abby, mentre Magnus è un'artista.