Quando un tentativo di distruggere il virus cambia il futuro, Cole si ritrova imprigionato nel 2016 con un instabile Jennifer Goines, che può o non può essere la chiave per tornare a casa. Nel frattempo, Jones e Railly devono affrontare le conseguenze della linea temporale modificata e l'ultimo prigioniero della struttura temporale: Ramsey.

Nonostante la crescente tensione, Cole e Cassie viaggiano nel 1940 a New York durante la seconda guerra mondiale per rintracciare un membro pericoloso dei Dodici che sta tramando un assassinio.

Cole e Cassie sono bloccati nel 1944 e Jones deve rivolgersi alla persona di cui si fida meno per portarli a casa - Ramse. Quanto a Ramse, questa missione gli darà la possibilità di espiare i suoi peccati - ma riuscirà a ricucire i rapporti tra Cole e Railly? Nel frattempo, Jones visita il Vecchio Jennifer Goines per esplorare la vera natura del tempo - e il metodo dei Dodici per distruggerla.

Con l'impianto temporale sull'orlo della distruzione, Cole e Jones si trovano nel bel mezzo di un colpo di stato. Dopo che un violento incontro finisce in tragedia inaspettata, Cole viene rimandato nel 1957 in un ultimo tentativo di salvare l'umanità, mentre il resto si unisce a una carovana attraverso l'apocalisse per trovare Titan - la roccaforte del testimone.

Cole e Railly tentano di fermare il paradosso finale nel passato, mentre Ramsey, Jennifer e Deacon lottano per sopravvivere all'apocalisse in un ultimo disperato tentativo di trovare il testimone.