Un agguato di Dexter finisce male. Per sbaglio infatti Dex uccide il fratello di un procuratore distrettuale, che mobilita subito il dipartimento per trovare l'assassino. Nel frattempo Dex cerca di dimenticare Harry vivendo una vita "normale" con Rita e i ragazzi. Batista riceve grandi novità: passa infatti da detective semplice a sergente.

Dexter tenta di trovare Freebo prima del resto della squadra. Nel frattempo però ha un'altra decisione da prendere: Rita è incinta e non sa se tenere o meno il bambino. Debra nel frattempo cerca nuovi indizi e trova una connessione tra il caso Freebo e quello di una giovane ragazza ritrovata morta.

Mentre è in giro a fare spese con Rita e i ragazzi, Dexter si imbatte in un pedofilo. Dopo averlo visto parlare con Astor, Dexter deve decidere se il profilo combacia con il Codice. Nel frattempo Debra deve risolvere un altro omicidio: il primo sospetto rimane sempre Freebo, ma Dexter tenta di sviare le indagini ben sapendo che Freebo non c'entra nulla.

Dopo una proposta di matrimonio fallita, Dexter deve far capire a Rita di volere più di un semplice ritorno economico e genitoriale. Ramon, il fratello di Miguel, va decisamente oltre le righe nella ricerca dell'assassino di suo fratello Oscar, e Dexter e Miguel cercano in tutti i modi di depistarlo.

Dexter segue le tracce di un marito killer fino a Bimini; Rita ha un'emergenza medica, e intanto continua a pressare Dexter chiedendogli di trasferirsi a vivere insieme a lei prima del matrimonio. Debra continua a lavorare con Anton per cercare contatti di Freebo.

Dexter vuole che Miguel rinunci ad aiutarlo e per questo decide di metterlo alla prova; Rita valuta un'offerta di lavoro da parte di Sylvia. Debra pensa di essere colpevole di aver provocato un altro omicidio collegato al caso a cui sta lavorando.

Dexter e Miguel non riescono a mettersi d'accordo sulla prossima vittima da scegliere; Rita scopre che la moglie di Miguel inizia ad avere dei sospetti sulla fedeltà del marito; una vecchia amica chiede aiuto a Dexter.

Dexter cerca di insegnare a Miguel il "Codice" e istruirlo per la prossima vittima; Debra si avvicina alla scoperta dello Skinner, ma deve fare i conti con una scomparsa imprevista. Maria e Ellen continuano ad uscire insieme.

L'amicizia tra Dexter e Miguel viene messa a dura prova da una bravata di Miguel; Rita si confronta con Miguel e gli dà dei consigli; Debra cerca con tutte le forze Anton, tentando di incastrare un sospetto.

Dexter e Miguel competono per chi debba avere il controllo sulla situazione; Miguel si presenta a Rita con un regalo; Debra si chiede se la sua relazione con Anton possa causare dei problemi con il lavoro al dipartimento.

Masuka mette in atto il suo piano di addio al celibato per Dexter, anche se con qualche piccolo contrattempo. Anton torna al dipartimento per testimoniare e incontrare Debra. Maria scopre che Miguel potrebbe essere l'assassino di Ellen e chiede aiuto a Dexter.