Dexter deve iscrivere il figlio a scuola, ma dopo aver visitato un asilo religioso inizia a chiedersi come vuole crescere il suo bambino. Nel frattempo Laguerta diventa capitano alla stazione di polizia, mentre dei nuovi assassini iniziano a seminare terrore a Miami.

Il mondo di Debra si rovescia in un solo giorno: prima Quinn le chiede di sposarlo e le non sa cosa fare, e poi scopre di essere stata nomminata nuovo tenente del distretto di polizia. Nel frattempo Dexter indaga sulla vita di un ex criminale che ora gestisce una comunità di recupero.

Dexter deve affrontare un possibile drastico cambiamento nella sua vita quando un serial killer che fa parte del suo passato torna a colpire. Nel frattempo Debra non riesce ad abituarsi ai ritmi lavorativi del suo nuovo ruolo al distretto.

Debra è scossa perché deve affrontare la sua prima conferenza stampa e non sa come comportarsi. Nel frattempo il piccolo Harrison si ammala gravemente e viene messo sotto i ferri. Dexter chiede allora un sostegno psicologico a Brother Sam.

Dexter trova un indizio sull'ultima scena del crimine e scopre qualcosa di più sulla coppia di assassini che sta terrorizzando Miami. Nel frattempo continua a frequentare Brother Sam, mentre Debra ha un'accesa discussione con la sorella di Batista.

Brother Sam è in coma e Dexter si mette alla ricerca dell'uomo che lo ha sparato per trovare vendetta. Nel frattempo Quinn scopre che la professoressa con cui è andato a letto è una testimone chiave nel caso dell'omicida dell'apocalisse.

Dopo aver scoperto che Trinity potrebbe aver colpito ancora Dexter, condizionato dalle visioni del fratello, decide di andare in Nebraska per risolvere la situazione. La cosa però fa infuriare Debra, che è alle prese con tanti casi da risolvere.

Dexter si avvicina sempre di più ai killer dell'Apocalisse, anche grazie ai consigli di Brother Sam. Nel frattempo Debra ha un'accesa discussione con LaGuerta sui metodi di lavoro alla polizia, mentre Travis viene rapito da Gellar.

Dexter cerca di rimanere sempre un passo avanti alla polizia nella ricerca dei killer dell'Apocalisse. Debra intanto fa di nuovo visita alla sua terapista per risolvere la delicata situazione tra lei e il fratello.

Travis cerca degli aiutanti per continuare il lavoro interrotto dalla morte del professor Gellar. Il suo nuovo piano prevede l'utilizzo di gas velenosi. Dexter intanto cerca di precedere la polizia nella caccia all'assassino prima che colpisca ancora.

Mentre Travis si appresta a mettere in atto l'ultima parte del suo diabolico piano, Dexter cerca di fermarlo. Nel frattempo Debra, durante una delle sedute di terapia, scopre qualcosa di sconcertante riguardo ai suoi sentimenti per il fratello.