Don segue il caso di una coppia di criminali che hanno seminato il panico in sette stati. Charlie viene chiamato a dare una mano al fratello per le indagini, ma i problemi che ha con Alan potrebbero minare la sua concentrazione.

Il team di Don si mette alla ricerca frenetica di Megan che è stata rapita da un killer folle. Nel frattempo, Charlie cerca di capire meglio la sua relazione con Amita, mentre Alan prende una decisione importante.

Don e il resto dei suoi uomini si trovano nel mezzo di un caso molto complicato. Infatti, quelle che sembravano delle semplici indagini sul furto di un quadro fanno emergere in realtà il caso di un omicidio.

Don e il suo team cercano di capire che cosa possa essere successo ad un interprete cinese che è stato trovato morto. Charlie nel frattempo non viene consultato per un paper e deve fronteggiarne le conseguenze.

Don e i suoi uomini sono alle prese con le indagini relative a una serie di attacchi che avvengono sulle autostrada. Si cerca di capire se essi siano o meno tra loro collegati e devono per questo approcciare il concetto di "casualità".

Don guida le indagini su una morte sospetta avvenuta su una pista per cavalli. Anche Charlie si interessa al caso e, le sue intuizioni, porteranno le indagini in una direzione completamente diversa da quella iniziale.

Un blackout lascia al buio l'intera città di Los Angeles. Don e i suoi colleghi cercano di stabilire se si tratti semplicemente di un incidente dalle dimensioni catastrofiche oppure se si tratti di un piano terroristico.

Don è alle prese con il caso di omicidio di un giovane giocatore di una serie minore di baseball. Charlie scopre che qualcuno aveva messo a punto un sistema statistico per individuare i giocatori che assumono steroidi.

Il problema dello smaltimento dei rifiuti tossici è oggetto delle indagini di Don, Charlie e gli altri quando questi causano il ferimento di numerosi bambini di una scuola. Charlie cerca di aiutare, ma il suo nuovo boss glielo impedisce.

Un senatore dello stato della California ed uno psichiatra vengono uccisi, senza alcun collegamento apparente se non quello di essere morti sotto gli occhi di Don. Egli cerca di trovare la connessione tra i due.

Don e Charlie si mettono sulle tracce di un killer, i cui obiettivi sono predatori del sesso che adescano le loro vittime adolescenti in chat. Nel frattempo, Larry è pronto per cominciare la sua avventura alla NASA.

Don, Charlie e il resto del team si mettono alla ricerca di un poligamo che è in fuga. L'uomo è nella lista delle 10 persone più ricercate dall'FBI a causa della sua fedina penale che parla di violenza sessuale e omicidio.

Dopo che uno yacht molto costoso affonda nel bel mezzo di una gara nautica, a Charlie viene chiesto di fare gli straordinari visto che Don e l'NSA hanno bisogno di lui, ma sue due indagini completamente diverse.

Quando due poliziotti vengono uccisi mentre si trovano fuori a cena, Charlie cerca di stabilire dove colpirà la prossima volta i killer. Nel frattempo, il capo di Don lo costringe e farsi vedere da uno psicologo.

Don e i suoi colleghi riaprono un caso ormai archiviato quando sul sito di una costruzione viene ritrovato un badge della LAPD. Anche Charlie si unisce alle indagini, mentre Alan apprende di essere stato citato in giudizio.

Uno degli amici di gioventù di David viene interrogato perché è tra i principali sospettati della morte di un uomo. Charlie nel frattempo è occupato nel cercare di diventare un bravo giocatore di poker per poter prendere il posto di Larry in un torneo.

Don è di nuovo a parlare con il suo terapista. In sua assenza, il team investigativo dell'FBI deve cercare di salvare un bambino di undici anni che è stato rapito; i rapitori vogliono come riscatto tre milioni di dollari.

Diversi omicidi avvenuti nella stessa area sembrano essere collegati in qualche modo a un imbroglio elettorale. Don e il suo team, con l'aiuto di Charlie, cercano di trovare il killer prima che colpisca ancora.

Un jet precipita nel bel mezzo di una foresta. Ai primi rilevamenti partecipa anche Charlie, che però non è del tutto convinto che si tratti di un semplice incidente; sospetta infatti che ci possa essere altro oltre a quanto si vede.

Don sta investigando su una serie di attentati con esplosivo. Per venire a capo della situazione chiede aiuto a Charlie. I due fratelli però non si trovano d'accordo su chi possa essere il colpevole, visto che uno pensa si tratti di un vecchio nemico, mentre l'altro che si tratti di un terrorista.

Quando un ex componente della mafia, un killer di professione condannato alla pena di morte, decide di pentirsi e confessare tutti i suoi crimini, Don si trova a disagio e non si fida della situazione che si è creata.

Don, Charlie e tutto il team sono alle prese con un pericoloso terrorista, ancora senza identità. Questi minaccia di usare il gas nervino per contaminare le acque della città di Los Angeles e portare a termine l'attacco terroristico.

Un pacco di aiuti umanitari del valore di 50 milioni di dollari viene rubato, ma non è solamente l'FBI a tentarne il recupero. Don e la sua squadra dovranno infatti vedersela con i contrabbandieri del mercato nero.